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Página informativa del Curso Bases de Programación en Perl para Bioinformática, tercera edición

Presentación
Con el fin de racionalizar y eficientizar el uso de recursos humanos e instalaciones en el Campus Morelos de la UNAM, hemos organizado este curso de doctorado de manera conjunta para los Programas de Doctorado en Ciencias Bioquímicas (PDCBioq) y Biomédicas (PDCBiomed) de la Universidad Nacional Autónoma de México. Puedes descargar desde aquí la convocatoria oficial del tópico. Este curso se imparte de manera regular cada semestre impar, en alternancia con nuestro curso fundamental de Introducción a la Bioinformática.
Justifiación
Las aplicaciones bioinformáticas se han multiplicado en las últimas décadas, al igual que el número de bases de datos de dominio público. El empleo de la mayoría de estas herramientas no requiere de conocimientos de programación, pero la falta de ellos puede ser una limitante de importancia, lo cual es evidente al trabajar a escala genómica, con miles de familias de genes. El conocimiento para desarrollar herramientas computacionales, no solo permite manejar las numerosas posibilidades de conversión entre formatos diferentes de estas secuencias y bases de datos, sino que es un aliado fundamental para la extracción, organización, manejo y análisis de la información. Un lenguaje de programación intrepretado, sencillo y poderoso como Perl, cuenta sobradamente con los elementos para llevar a cabo este tipo de tareas, así como otras más complejas, gracias en buena parte a los > 100.000 módulos de Perl públicamente disponibles en el repositorio CPAN. Sin duda, el conocimiento del lenguaje Perl eleva las capacidades y eficiencia de utilización de las actuales aplicaciones bioinformáticas. Estamos convencidos que para algunos participantes este curso representará el inicio de una nueva faceta en su interacción con las computadoras y la bioinformática, y por ende ampliará sus perspectivas académicas y profesionales.
Objetivos
Dotar a los asistentes de los conocimientos necesarios para el desarrollo de aplicaciones básicas con el lenguaje Perl, incluyendo módulos de BioPerl. Se han intercalado algunos "ejemplos propuestos" dentro de las sesiones correspondientes, que representan algunos de los análisis comúnmente requeridos, no tan solo en el área de bioinformática, sino de una manera más general, dentro de la Biología Molecular.
Fechas, horario y lugar de celebración del curso
El curso se impartirá cada viernes, de 10:00-13:00 hrs en el auditorio del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM ver mapa.
Sitio web del curso
Se abrirá una cuenta en un sitio moodle para los alumnos de doctorado formalmente registrados en el curso a través de sus respectivas entidades. Desde este sitio podrán acceder a todo el material didáctico del curso.
Programa semestre 2015-2
S1 - Introducción y Sistema Operativo UNIX/Linux (Carlos Daniel Vázquez) 
S2 - Concepto de programa. Variables. Asignación.
S3 - Programación estructurada. Estructuras básicas
S4 - Expresiones regulares
S5 - Listas	
S6 - Arreglos y subrutinas
S7 - Orden de listas
S8 - Hashes	
S9 - Interacción con el sistema	
S10 - Variables especiales y predefinidas (perlvar)	
S11 - Complementos	
S12 - Ejercicio integrativo para el análisis de Microarreglos I (Rosa Maria Gutiérrez).
S13 - Ejercicio integrativo. Desarrollo de un programa para el análisis de microarreglos II Sesión 15. Rosa Maria Gutiérrez).
S14 - Ejercicios integrativo. Desarrollo de un programa que  realice una búsqueda de bidirectional best hit. (Enrique Merino)
S15 - Ejercicio Integrativo. Realización de un programa que permita la asignación de operones (Blanca Taboada)
S16 - Módulos. Teoría y práctica. (Pablo Vinuesa)          
     

Preguntas frecuentes

¿Tengo que formalizar mi inscripción al curso, y cómo lo hago?
Sí, deberán de formalizar el registro del curso como la actividad académica del semestre en sus respectivas entidades de posgrado. Deberán traer constancia de registro de la actividad para que se les abra cuenta en el servidor, dar acceso al material didáctico y finalmente evaluar su actividad al final del semestre.
¿Habrá disponibilidad de videoconferencia?
No, experiencias pasadas mostraron que no es viable para este tipo de cursos con muchas sesiones prácticas.
¿Necesito saber UNIX/Linux?
Es recomendable tener alguna experiencia previa, pero no es imprescindible. Para los que no la tienen, las primeras dos sesiones estarán dedicadas a presentar las bases del uso y configuración del shell (terminal) para que se sientan cómodos y eficientes trabajando en en sistemas UNIX/Linux. En cualquier caso les recomendamos mucho estudiar este tutorial de introducción al biocómputo y consultar alguno de los tutoriales listados en las pestañas de la cabecera de la página, acorde a sus conocimientos previos. Para los que empiezan, remomendamos este tutorial de introducción a UNIX/Linux.
¿Necesito conocimientos previos de Perl?
No, se trata de un curso introductorio, en el que se enseñará la filosofía y sintaxis de programación básica en Perl. Sería muy recomendable que vayan estudiando tutorales de introducción a Perl. También existen libros de Perl libremente disponibles en la web
¿Necesito llevar mi computadora?
Sí, es necesario traer tu laptop con tarjeta de red inalábrica. Si es una máquina Windows, deberán instalar PuTTY y WinSCP para poderse loguear al servidor usando el protocolo ssh (secure shell) y transferir datos entre sus máquinas y el servidor usando scp ("secure copy"). Les recomendamos leer este turorial de SSH para Windows, en el que se explica muy bien el uso e instalación de PuTTY y WinSCP.
Mi compu corre Windows. ¿Debo instalar Linux?
No, aunque sería muy recomendable hacerlo si tienes una máquina Windows (recomendamos Ubuntu 12.04 LTS o Ubuntu 13.04. Tiene incluso un instalador para Windows que hace trivial la instalación o desinstalación de Ubuntu de máquinas Windows. Ubuntu se instala en otra partición, dejando intacto tu Windows, como se explica en la liga anterior). El trabajo en biocómputo se hace esencialmente en el ambiente UNIX/Linux, como se describe en este artículo de PLoS Computational Biology titulado A Quick Guide for Developing Effective Bioinformatics Programming Skills.
Conexión a servidores UNIX/Linux desde windows
Pueden instalar PuTTY en su máquina windows para conectarse a un servidor UNIX/Linux mediante el protocolo ssh. Para mover archivos entre máquinas Windows y UNIX/Linux, recomendamos WinSCP. Si vas a instalar estos programas, recomendamos leer 10 awesome PuTTY tricks, improving PuTTY settings on Windows y PuTTY FAQ
Pues yo tengo una MAC, ¿Debo instalar Linux?
No! Tal vez no lo sepas, pero el sistema operativo MAC OS X es Unix, derivado de BSD! Solo tienes que abrir la terminal y tendrás acceso directo a todas las utilerías de Unix, incluyendo Perl.
Ups, no encuentro la terminal en mi MAC, ¿dónde está?
1. en Finder, del menú Go, busca Utilities -> Terminal. 2. Si no lo encuentras, tienes que instalar el paquete de "Developer Tools", que encontrarás en /Applications/Installers/Developer Tools/Developer.mpkg. Pueden ver este tutoral en YouTube
¿Dónde está ubicado el CCG?
Puedes consultar este mapa de baja resolución, o busca "Center for Genomic Sciences UNAM" en GoogleMaps
¿Qué más recomiendan ir estudiando para llegar bien preparados al curso?
Sin duda algo esencial es saber usar bien un editor de texto potente para programar. El editor por excelencia en el ambiente Linux/UNIX es vim. Pueden ver un breve tutorial aquí o un tutorial ineractivo. Otra opción conveniente es el editor gráfico nedit.

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Cambio de día de la semana para impartición del curso
El curso será impartido cada viernes del semestre en el Auditorio Dr. Guillermo Soberón del Centro de Ciencias Genómicas, de 10:00-13:00 hrs. Pedimos ser puntuales.
Primera clase el viernes 30 de Enero
El curso inicia el viernes 30 de Enero en el lugar y hora arriba indicados.