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Bienvenidos al micro-sitio web del Curso Introducción a la Bioinformática, sección de Filoinformática

Presentación

El profesor
Hola, me llamo Pablo Vinuesa y soy el profesor de esta sección. Soy un investigador del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM en Cuernavaca, México. Trabajo en diversos proyectos de microbiología ambiental y evolutiva. Soy profesor de la asignatura de Genómica Evolutiva en la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM y el coordinador del Taller Latinoamericano de Evolución Molecular. Visita mi sitio web si quieres más información y acceder a muchos recursos didácticos en este área.

Objetivos y estructura del curso

El objetivo es proporcionarles una sólida base de conocimientos teóricos y prácticos sobre inferencia filogenética molecular y diversos aspectos bioinformáticos estrechamente relacionados. El curso construye sobre lo aprendido en sesiones anteriores (escrutinio de bases de datos de secuencias mediante BLAST, determinación e interpretación de homología, alineamiento de múltiples secuencias), iniciando con aspectos teóricos fundamentales y aspectos prácticos tales como la interconversión de formatos, progresando hacia la comprensión del rol de los modelos de sustitución filogenética, estima de filogenias bajo diversos métodos, hasta la edición e interpretación de las topologías obtenidas

El curso cubrirá de manera equilibrada los principios teóricos subyacentes a diversos métodos y criterios de inferencia filogenética (distancia, parsimonia y máxima verosimilitud), así como el aprendizaje de programas clave (para diversas plataformas, centrándonos en aquellos de libre distribución) para hacer estas inferencias, usando datos tomados de las bases de datos. Este curso funcionará como un taller, con sesiones teóricas alternadas con sesiones prácticas en las que se mostrará el uso del sistema ENTREZ de NCBI, BioEdit, ClustalX, RevTrans, DAMBE, MEGA5, jModeltest y PhyML entre otros. Se explorarán páginas web que ofrecen algunos de estos servicios, así como el manejo de los mismos desde instalaciones locales a través de la línea de comandos o interfaz gráfica en UNIX/Linux y Windows. Se les presentará el poder de tuberías de comandos UNIX/Linux y Perl scripts para el procesado de datos bioinformáticos y filogenéticos.

La idea aquú es motivarlos para que inicien la exploració del mundo de la programación en ambientes UNIX/Linux, el cual es explorado en profundidad en nuestro tópico selecto de doctorado de Bases de Programación en Perl para Bioinformática que impartimos en alternancia con el presente curso fundamental

Programas y servidores Web que se usarán en el curso