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Referencias, tutoriales y lecturas recomendadas

En esta página damos una serie de referencias, agrupadas temáticamente.

Pueden consultar el material didáctico de Pablo Vinuesa para su curso sobre Bioinformática y filogenética impartido en la Licenciatura en Ciencias Genómicas aquí

Biocómputo

Recomendamos a los participantes que no hayan manejado sistemas UNIX/Linux y/o el lenguaje de programación Perl que estudien los siguientes tutoriales, que son muy cortos, pero útiles para que puedan seguir adecuadamente las sesiones correspondientes.

Primero un poco de UNIX:

Y ahora un poco de Perl

OK, si necesitan una introducción un poco más explícita, vean estos tres tutoriales:

Si quieren o necesitan más información/tutoriales sobre biocómputo, echen un vistazo a la página de recursos de biocómputo


Alineamientos pareados, búsqueda de homólogos en bases de datos, perfiles y el concepto de homología


Alineamientos múltiples

Unas pocas referencias básicas para empezar:


Reviews generales sobre métodos y modelos usados en filogenética


Criterios de optimización I - Parsimonia

Aquí van unos clásicos:


Criterios de optimización II - Máxima verosimilitud

Por el momento un sólo review, excelente, como todo lo de Paul O. Lewis, quien es un maestro excepcional.


Criterios de optimización III - Inferencia bayesiana


Estima de filogenias de especie

Estos son algunos papers clave del trabajo reciente del Dr. Scott Edwards y colegas sobre el tópico del uso de múltiples loci de secuencia de DNA (MLSA) en la estima de filogenias de espcie, incluyendo referencias relacionadas con BEST (Bayesian Estimation of Species Trees), un programa recientemente desarrollado para inferir filogenias multilocus de especies sin concatenación de los alineamientos de las distintas particiones a analizar.


Estima de la diversidad microbiana en el ambiente con datos metagenómicos

Estos son algunos papers clave del trabajo reciente del grupo en el que trabaja la Dra. Catherine Lozupone sobre el tópico de estima de la diversidad microbiana en el ambiente con datos de secuencias clonadas directamente del DNA (metagenómico) de la comunidad, incluyendo referencias relacionadas con UniFrac, un programa recientemente desarrollado para medir y comparar la diversidad de comunidades microbianas usando información filogenética.