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Programa - bloque de inferencia filogenética

Tema 1. Conceptos básicos de evolución molecular y filogenética (miércoles 19)
Tasas de evolución y dominios estructurales de genes y proteínas
El concepto y tipos de homología
Tema 1 - PDF
Tema 2. Manipulación y edición de secuencias - aspectos prácticos (miércoles 19)
Descarga de secuencias de GenBank usando el sistema de búsqueda textual ENTREZnt.
Demostración del poder de herramientas de UNIX/Linux y Perl para el procesamiento/formateado de archivos FASTA y GenBank.
Tema 2 - PDF
Tutorial_ENTREZnt y UNIX - PDF
Secuencias en formato FASTA descargadas mediante ENTREZnt y perl/shell 1liners para su parseo
secs - rpoB_Bradys_vinuesa.fasta
scripts - one-liners2parse_ENTREZ_fasta_headers
Tema 3. Alineamientos múltiples (miércoles 19)
Alineamientos múltiples de secuencias (ClustalW y Muscle) - Teoría y práctica
Sesión práctica: alineamientos múltiples (familia clustal, muscle, GreenGenes y RDPII) y su edición con BioEdit, DAMBE, FaBox y scripts de Perl usando módulos de BioPerl.
Tema 3 - PDF
Secuencias para ejercicios de alineamiento múltiple
secs - 4_GDP_procar_ualn.faa
secs - 6_GDP_eucar_ualn.faa
secs - leuA-Bacillales.fas
Tema 4. Introducción a los métodos filogenéticos - métodos basados en matrices de distancias y prueba de bootstrap (jueves 20)
Clasificación de métodos filogenéticos - conceptos básicos sobre tipos de datos y métodos de reconstrucción
Modelos de evolución molecular de secuencias (nt y aa) y distancias evolutivas
Métodos de reconstrucción basados en matrices de distancias evolutivas
Bootstrap
Sesión práctica
Métodos basados en matrices de distancias usando MEGA5
Exploración de patrones de sustitución, interconversión de formatos de secuencias y edición de alineamientos usando DAMBE y BioEdit
Tema 4 - PDF
Secuencias para ejercicios de bootstrap (seqboot) y MEGA
secs - 5_atpD_50nt_phy.PHY, para bootstrap
secs - 35R_glnII_bradys.fna
secs - 35R_recA_bradys.fna
Tema 5. Criterios de optimización I - Máxima verosimilitud (viernes 21)
Máxima verosimilitud como criterio de optimización en filogenética
Selección de modelos usando jModelTest2
Algoritmos de búsqueda de árboles en filogenética
Estima de filogenias de máxima verosimilitud usando PhyML v3
Tema 5 - PDF
tutoral uso PhyML línea de comandos - PDF
Tema 6. Criterios de optimización II: inferencia bayesiana de filogenias (viernes 21)
La alternativa bayesiana a la estima de filogenias
Introducción a MrBayes
Sesión Práctica: MrBayes y selección de modelos con MrModelTest
Tema 6 - PDF
Secuencias para ejercicios con MrBayes
secs - primates.nex