Pablo's research and teaching areas logo Curso CLAB2013

Bienvenidos al sitio web del curso Análisis Molecular y Filogenético de Comunidades Microbianas - bloque sobre inferencia filogenética

Presentación

Celebrando los XL años de fundación del Centro Latinoamericano de Ciencias Biológicas
El CLAB es un centro regional creado en 1973 por convenio subscrito entre la UNESCO y el Gobierno de Venezuela a fin de promover en Latinoamérica y el Caribe la investigación y la enseñanza en Ciencias Biológicas, y fomentar la integración de la región mediante la cooperación en este campo. Tiene como sede el Centro de Biofísica y Bioquímica del Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas - IVIC
Sobre el curso de Análisis Molecular y Filogenético de Comunidades Microbianas
El curso se enfoca en el análisis de secuencias de ADN, filogenética y estudios ecológicos de comunidades microbianas, cubriendo los aspectos teóricos así como el manejo de herramientas bioinformáticas con aplicaciones en las áreas de salud y ambiente. El curso está dirigido, de manera gratuita, a estudiantes de postgrado del IVIC y otras instituciones académicas en microbiología y otras áreas afines en ciencias biológicas. Tiene una asignación de dos créditos de carga académica otorgada por el Centro de Estudios Avanzados (CEA). El cupo es limitado. El curso es coordinado por las doctoras: María Alexandra García, Milagro Fernández y Mónica Contreras del Centro de Biofísica y Bioquímica del IVIC. El curso se impartirá del 17-26 de Junio de 2013, en Centro de Biofísica y Bioquímica del Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas - IVIC.
Sobre este sitio web
Este minisitio web fue creado por Pablo Vinuesa para distribuir el material didáctico correspondiente al bloque de inferencia filogenética.
El profesor del bloque de inferencia filogenética
Hola, me llamo Pablo Vinuesa y soy el profesor invitado para impartir el bloque sobre inferencia filogenética. Soy un investigador del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM en Cuernavaca, México. Trabajo en diversos proyectos de microbiología ambiental y evolutiva. Soy profesor de la asignatura de Genómica Evolutiva en la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM y el coordinador del Taller Latinoamericano de Evolución Molecular. Te invito a visitar mi sitio web si quieres más información y acceder a muchos recursos didácticos en este área.

Objetivos y estructura del curso

El objetivo es proporcionarles una sólida base de conocimientos teóricos y prácticos sobre aspectos fundamentales de bioinformática e inferencia filogenética molecular. El curso cubrirá desde el concepto de homología, alineamiento de múltiples secuencias, la interconversión de formatos y el ajuste de modelos de sustitución a los datos, hasta la edición e interpretación de las topologías obtenidas mediante diversos métodos de reconstrucción. El curso cubrirá de manera equilibrada los principios teóricos subyacentes a diversos métodos y criterios de inferencia filogenética (distancia, máxima verosimilitud, bayesiano ...), así como el aprendizaje de programas clave (casi todos de "open source" para Windows/GNU Linux) para hacer estas inferencias, usando datos tomados de las bases de datos. Este bloque funcionará como un taller, con sesiones teóricas alternadas con sesiones prácticas en las que se mostrará el uso de programas como BioEdit, Clustal, DAMBE, MEGA5, jModeltest, PhyML y MrBayes, entre otros. Se explorarán páginas web que ofrecen algunos de estos servicios, así como el manejo de los mismos desde instalaciones locales a través de la línea de comandos o interfaz gráfica en UNIX/Linux y Windows. Se les presentará el poder de tuberías de comandos del shell de UNIX/Linux y scripts de Perl para el procesado de datos bioinformáticos y filogenéticos.

Programas que se usarán en el curso