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Bienvenidos al sitio web del Curso Introducción a la Filoinformática

Presentación

Celebrando los XV años de fundación del Instituto de Ecología de la UNAM
El curso de introducción a la filoinformática es uno de los tres ofertados con motivo del XV aniversario de fundación del Instituto de Ecología de la UNAM.
Fechas, horario y lugar de celebración del curso
El curso se impartirá del 9-11 de Septiembre de 2011, de 10-18 hrs en el auditorio del Instituto de Ecología de la UNAM.
El profesor
Hola, me llamo Pablo Vinuesa y soy el profesor invitado para impartir el curso. Soy un investigador del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM en Cuernavaca, México. Trabajo en diversos proyectos de microbiología ambiental y evolutiva. Soy profesor de la asignatura de Genómica Evolutiva en la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM y el coordinador del Taller Latinoamericano de Evolución Molecular. Visita mi sitio web si quieres más información y acceder a muchos recursos didácticos en este área.
Sobre este sitio web
He construido este sitio web para facilitar la coordinación del curso. Desde aquí podrán acceder a todo el material didáctico que he preparado para el mismo. Iré actualizando los contenidos a lo largo de la semana del curso.

Objetivos y estructura del curso

El objetivo es proporcionarles una sólida base de conocimientos teóricos y prácticos sobre aspectos fundamentales de bioinformática e inferencia filogenética molecular. El curso cubrirá desde el escrutinio de bases de datos de secuencias mediante BLAST, determinación e interpretación de homología, alineamiento de múltiples secuencias, la interconversión de formatos y el ajuste de modelos de sustitución a los datos, hasta la edición e interpretación de las topologías obtenidas mediante diversos métodos de reconstrucción. El curso cubrirá de manera equilibrada los principios teóricos subyacentes a diversos métodos y criterios de inferencia filogenética (distancia, máxima verosimilitud, bayesiano ...), así como el aprendizaje de programas clave (casi todos de "open source" para Windows) para hacer estas inferencias, usando datos tomados de las bases de datos. Este curso funcionará como un taller, con sesiones teóricas alternadas con sesiones prácticas en las que se mostrará el uso de programas de la familia BLAST, BioEdit, ClustalX, DAMBE, MEGA5, jModeltest, PhyML y MrBayes entre otros. Se explorarán páginas web que ofrecen algunos de estos servicios, así como el manejo de los mismos desde instalaciones locales a través de la línea de comandos o interfaz gráfica en UNIX/Linux y Windows. Se les presentará el poder de tuberías de comandos UNIX/Linux y Perl scripts para el procesado de datos bioinformáticos y filogenéticos.

Programas que se usarán en el curso