Pablo Vinuesa's lab TIB17 logo

Programa

Todas las sesiones tendrán lugar en el AULA 4 de la LCG, de 9-17:30 hrs.
Receso para comida de 14-15:30 hrs y pausa de 20-30 min. durante las sesiones de la mañana y tarde

Lunes 23. Tema 1: Homología y su determinación (Dr. Enrique Merino - IBT)
Tasas de evolución y dominios estructurales de genes y proteínas
El concepto y tipos de homología
Alineamientos pareados de secuencias y búsqueda de homólogos en bases de datos de secuencias moleculares
La familia BLAST+: Teoría y práctica (BLASTN, BLASTP, BLASTX)
Lunes 23. Tema 2: Alineamientos múltiples (Dr. Enrique Merino - IBT)
Alineamientos múltiples de secuencias (Clustal-omega y Muscle) - Teoría y práctica
Sesión práctica: alineamientos múltiples (clustal-omega y muscle)
Martes 24. Tema 3: Homología y su determinación -2 (Dr. Pablo Vinuesa - CCG).
Búsquedas textuales de secuencias homólogas en bases de datos mediante el sistema ENTREZ
Formatos de secuencia y su interconversión: FASTA, PHYLIP, NEXUS, GenBank
Introducción a la filogenómica y pan-genómica: determinación de clusters de genes homólogos a partir de secuencias genómicas
Prácticas: identificación de clusters de genes ortólogos y parálogos usando el paquete GET_HOMOLOGUES
Análisis estadístico y visualización del pan-genoma con GET_HOMOLOGUES
Martes 24. Tema 4: Introducción a métodos filogenéticos (Dr. Pablo Vinuesa - CCG).
Conceptos básicos de filogenética y clasificación de métodos filogenéticos
Miércoles 25. Tema 5: Métodos filogenéticos 1: distancia y parsimonia (Dr. Pablo Vinuesa - CCG)
Distancias evolutivas y su estima: modelos empíricos y paramétricos
Métodos filogenéticos basados en matrices de distancias: UPGMA y NJ
Prueba de bootstrap de soporte de biparticiones
Prácticas con programas del paquete PHYLIP
El criterio de (máxima) parsimonia en filogenética
Métodos de búsquedas de árboles: enumeración exhausitva, B&B y heurísicas
Introducción a PAUP* y al formato NEXUS
Búsquedas exhaustivas, B&B y heurísticas con PAUP* bajo el criterio de parsimonia
Visualización y edición de árboles con FigTree
Jueves 26. Tema 6: Métodos filogenéticos 2: máxima verosimilitud (Dr. Pablo Vinuesa - CCG)
El criterio de máxima verosimilitud en filogenética
selección de modelos de sustitución y estima de sus parámetros bajo el criterio de máxima verosimilitud
Selección de modelos usando PAUP*
Nuevos algoritmos de búsqueda de árboles bajo el criterio de máxima verosimilitud: phyml
Pruebas de soporte de biparticiones en phyml: aLRTs
Prácticas con phyml usando secuencias de DNA y proteína
Selección automática de modelos de sustitución para secuencias de DNA usando jModelTest2
Selección automática de modelos de sustitución para secuencias de proteína usando ProtTest3
Selección de modelos de codones y detección de selección a nivel molecular con paml (Dr. Alberto Vicens - IBT)
Viernes 27. Tema 7: Métodos filogenéticos 3: inferencia bayesiana (Dr. Pablo Vinuesa - CCG)
Inferencia bayesiana de filogenias - teoría
Introducción a MrBayes - teoría
Prácticas con MrBayes
Sintaxis de bloques mrbayes y comandos básicos para ejecutar una corrida MCMC
Resúmenes de árboles y parámetros de corridas MCMC
Análisis de convergencia de corridas MCMC independientes usando tracer
Selección bayesiana de particiones y modelos - factores de Bayes
Viernes 27. Sesión integrativa (Dr. Pablo Vinuesa - CCG)
Especies bacterianas y base genómica de la diferenciación de nicho