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Bienvenidos al sitio web del Curso de Filoinformática - TIB17

Presentación

Información general
El taller de introducción a la filoinformática (Código: T4-FI) es uno de los seis ofertados en la edición 2017 de los Talleres Internacionales de Bioinformática de la UNAM.
Fechas, horario y lugar de celebración del taller
Registro: Lunes 23 de 8:00 - 8:50 en la entrada principal del CCG
El Taller se impartirá del 23-27 de Enero de 2017, de 9-18 hrs, en el aula 4 LCG-UNAM.
  • Sesión matutina: 9:00 a 14:00 hrs, con un receso de 11:00-11:30 (aproximadamente)
  • Comida (por su cuenta)
  • Sesión vespertina: 15:30 a 18:00 hrs
Otros eventos se indican en el programa general
Profesores
Dr. Enrique Merino, IBT-UNAM
Dr. Pablo Vinuesa, CCG-UNAM
Ayudantes
Daniel Cazares
Dra. Laura Hernández
Dr. Alberto Vicens
Sobre este sitio web
Este sitio web se ha construido para facilitar la coordinación del curso. Desde aquí podrán acceder a todo el material didáctico que hemos preparado para el mismo. Se irán actualizando los contenidos en los siguientes días.

Objetivos y estructura del taller

El objetivo es proporcionarles una sólida base de conocimientos teóricos y prácticos sobre aspectos fundamentales de bioinformática, genómica comparativa e inferencia filogenética molecular. El taller cubrirá desde el escrutinio de bases de datos de secuencias mediante BLAST, determinación e interpretación de homología, identificación de familias de genes homólogos a escala genómica, alineamiento de múltiples secuencias, la interconversión de formatos y el ajuste de modelos de sustitución a los datos, hasta la edición e interpretación de las topologías obtenidas mediante diversos métodos de reconstrucción.

El curso cubrirá de manera equilibrada los principios teóricos subyacentes a diversos métodos y criterios de inferencia filogenética (distancia, parsimonia, máxima verosimilitud y bayesiano), así como el aprendizaje de programas clave, todos de "open source", para hacer estas inferencias, usando secuencias tomadas de las bases de datos.

Este taller contendrá sesiones teóricas alternadas con sesiones prácticas en las que se mostrará el uso de programas de la familia BLAST, Clustal-omega, GET_HOMOLOGUES, PHYLIP, paup*, jModeltest2, protTest3, PhyML y MrBayes entre otros. El manejo de los mismos se har´ desde instalaciones locales en servidores Linux, a través de la línea de comandos. Se les presentará el poder de tuberías de comandos UNIX/Linux y Perl scripts para el procesado de datos bioinformáticos y filogenéticos.

Requisitos para los participantes del taller

Todos los programas y ejercicios asociados se correr´n en un ambiente Linux desde la línea de comandos. Es por tanto un requisito indispensable que los interesados en el curso tengan un manejo básico pero sólido del shell, equivalente al menos a lo que se enseña en el taller de habilidades bioinformáticas.


Programas que se usarán en el curso


Preguntas frecuentes y preparación para el taller

¿Necesito saber UNIX/Linux?
Es absolutamente necesario tener alguna experiencia previa de trabajo con el Shell de UNIX/Linux, equivalentes a lo que se enseña en el taller de habilidades bioinformáticas. En cualquier caso les recomendamos mucho estudiar este tutorial de introducción al biocómputo y consultar alguno de los tutoriales listados en las pestañas de la cabecera de la página, acorde a sus conocimientos previos. Para los que empiezan, remomendamos este tutorial de introducción a UNIX/Linux. En la primera sesión se dará una introducción a los aspectos básicos de manejo del sistema.
¿Necesito conocimientos previos de Perl, Python, R u otros lenguajes de programación?
No estrictamente, pero te verás muy limitado si no sabes programar. Para trabajar eficientemente en genómica, bioinformática y filoinformática será necesario, a la postre, poder programar al menos en algún lenguaje de scripting. Empieza por dominar el shell (bash). Continuar con Perl o Python y R sería el siguiente paso recomendado.
¿Necesito llevar mi computadora?
No es necesario, ya que contaremos con terminales para acceder al servidor Linux asignado al curso. Pero los que quieran traer su laptop, deberá contar con tarjeta de red inalámbrica para poder acceder al servidor Linux mediante un protocolo ssh. Si es una máquina Windows, deben instalar PuTTY y WinSCP (o similares) para poderse loguear al servidor usando el protocolo ssh (secure shell) y transferir datos entre sus máquinas y el servidor usando scp ("secure copy"). Les recomendamos leer este turorial de SSH para Windows, en el que se explica muy bien el uso e instalación de PuTTY y WinSCP.
Mi compu corre Windows. Debo instalar Linux?
No estrictamente, pero será mucho mejor hacerlo ya que trabajar con putty u otros emuladores de shell es muy ineficiente!. Recomendamos Ubuntu. Tiene incluso un instalador para Windows que hace trivial la instalación o desinstalación de Ubuntu de máquinas Windows. Ubuntu se instala en otra partición, dejando intacto tu Windows, como se explica en la liga anterior). El trabajo en biocómputo se hace esencialmente en el ambiente UNIX/Linux, como se describe en este artículo de PLoS Computational Biology titulado A Quick Guide for Developing Effective Bioinformatics Programming Skills.
Pues yo tengo una MAC, ¿Debo instalar Linux?
No! Tal vez no lo sepas, pero el sistema operativo MAC OS X es Unix, derivado de BSD! Solo tienes que abrir la terminal y tendrás acceso directo a todas las utilerías de Unix, incluyendo Perl.
Ups, no encuentro la terminal en mi MAC, ¿dónde está?
1. en Finder, del menú Go, busca Utilities -> Terminal. 2. Si no lo encuentras, tienes que instalar el paquete de "Developer Tools", que encontrarás en /Applications/Installers/Developer Tools/Developer.mpkg. Pueden ver este tutoral en YouTube
2. O mira este otro introducción a la línea de comandos en MacOSX
¿Necesito instalar el software que vamos a usar mi computadora?
De nuevo, no es estrictamente necesario, ya que contaremos con terminales para acceder al servidor Linux asignado al curso, en el que estará instalado todo el software requerido. Pero sí es recomendable que lo hagan para que puedan continuar con el uso de dichos programas después de los talleres, ya que las cuentas expirarán poco después de su término. La lista de software está y URLs para su descarga está aquí.
¿Qué más recomiendan ir estudiando para llegar bien preparados al curso?
Sin duda algo esencial es saber usar bien un editor de texto potente para programar. El editor por excelencia en el ambiente Linux/UNIX es vim. Pueden ver un breve tutorial aquí o un tutorial ineractivo. Otra opción conveniente es el editor gráfico nedit.
¿Dónde está ubicado el CCG?
Puedes consultar este mapa de baja resolución, o busca "Center for Genomic Sciences UNAM" en GoogleMaps