Pedro Julio Collado Vides

Genómica Computacional Investigador

Inv. Emérito

Semblanza

El Dr. Julio Collado realizó sus estudios de licenciatura, maestría y doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM); tras una estancia posdoctoral de tres años en el Massachusetts Institute of Technology (MIT) en Boston, se incorpora a la UNAM donde ha hecho su carrera desde que regresó en 1992.
El Dr. Collado contribuido a la creación y fortalecimiento de instituciones científicas mexicanas en la bioinformática y genómica. Asimismo, es referencia nacional y latinoamericana, reconocido a nivel mundial en la bioinformática, disciplina de creciente relevancia en las ciencias genómicas. Los logros fundamentales de su carrera científica son los siguientes:

Pionero e impulsor de la bioinformática y la genómica en México.
Se incorpora a la UNAM en 1992 siendo el primer investigador dedicado a la bioinformática en nuestro país. En el 2000 logra el reconocimiento de su laboratorio en la UNAM como el Nodo Nacional de Bioinformática dentro de la agrupación internacional EMBNET. En colaboración con colegas experimentalistas, se conforma un equipo de trabajo que publica el primer genoma completo secuenciado en nuestro país, el de la bacteria Rhizobium etli fjadora de nitrógeno, gracias a un donativo de 2.4 millones de dólares de Conacyt del cual funge como responsable. Este trabajo marca el inicio de la participación de México en la Genómica, contribuyendo en forma central a la creación de la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG) en 2003 y a la gestación del Centro de Ciencias Genómicas (CCG) en 2005. Funda la Sociedad Mexicana de Ciencias Genómicas (2001-2004) y es designado Director del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM (2005-2009), tomando la responsabilidad del período inicial de una de las instituciones pioneras de la genómica y la bioinformática en nuestro país. Siendo director arranca los seminarios “Frontiers in Genomics” (http://www.lcg.unam.mx/frontiers/) los cuales se siguen realizando a la fecha enriqueciendo la cultura genómica tanto de los alumnos de la LCG, como de diversas instituciones de investigación y docencia en el país vía señal digital en vivo. Fue Presidente fundador de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática en 2009. En años recientes ha incursionado en actividades de innovación en la relación hombre-conocimiento al romper la separación entre difusión, educación y comunicación entre expertos, con Conogasi (www.conogasi.org) una red social de conocimiento ordenado por niveles de entendimiento.

Docencia y divulgación innovadora. El Dr. Collado y personal ligado a su laboratorio han impartido los cursos de bioinformática y computación de la LCG desde su inicio. La LCG es un pilar fundamental para el futuro de la bioinformática y las ciencias genómicas en nuestro país, con egresados ya reconocidos en las mejores instituciones del mundo en el área. Ha dirigido a 12 posdoctorales, 13 alumnos de posgrado (10 de doctorado, 3 de maestría) y 7 de licenciatura. En México egresados de su laboratorio son investigadores en la UNAM: en el Instituto de Biotecnología, en el Centro de Ciencias Genómicas, en el Laboratorio Internacional sobre el Genoma Humano en Querétaro y en el Instituto de Matemáticas Aplicadas y Sistemas en Mérida. Así como en en Instituto Nal. de Enfermedades Respiratorias (INER), LANGEBIO, INMEGEN y CINVESTAV. Más allá de nuestras fronteras, egresados de su laboratorio son o han sido investigadores en Canadá, Francia, España y Cuba. Participó en el diseño de la Licenciatura en Tecnologías para la Información en Ciencias de la UNAM-Morelia. El Nodo Nacional de Bioinformática a su cargo ha organizado los “Talleres Internacionales de Bioinformática” por varios años, siendo ésta la actividad docente extracurricular de bioinformática de mayor impacto y envergadura que se realiza desde hace años en el país, en beneficio a la fecha de más de 670 inscritos (alumnos, académicos, posdocs e incluso investigadores) con 7 talleres impartidos a la fecha (http://www.nnb.unam.mx/). Las contribuciones académicas del Dr. Julio Collado se han realizado predominantemente en México. Adicionalmente ha generado con su equipo el sitio conogasi.org de divulgación del conocimiento en que busca conectar textos para expertos con textos equivalentes de divulgación del conocimiento.

Obra original altamente citada. La obra del Dr. Collado se caracteriza por su gran originalidad desde el inicio de su carrera, con contribuciones pioneras en la bioinformática de la genómica microbiana. El modelo gramatical de la regulación genética producto de su doctorado, se fundamenta en el posdoctorado con la demostración matemática, sentando la base teórica para algoritmos genómicos novedosos que desarrolla a su regreso en México. Hace la primer recopilación integrativa de promotores microbianos en un trabajo ya clásico altamente citado, el cual constituye la semilla de las bases de datos RegulonDB y EcoCyc, ambas referencia internacional en el tema, las cuales aglomeran más citas a la fecha que las bases de datos de otros modelos genómicos como la levadura, C.elegans y Drosophila. Nace así la bioinformática de la regulación genómica microbiana, con predicciones y análisis del genoma completo de Escherichia coli, con la publicación en Science en 1997 del genoma de dicha bacteria, del cual es coautor. Dicho artículo es el más citado en la primer década posterior a su publicación. No es de sorprender que la obra del Dr. Collado, con más de 130 publicaciones internacionales a la fecha, tenga (Fuente: Scopus) 15,657 citas (14,393 sin autocitas), con un índice H de 45 ((Total de citas: 25,494 con índice H =56; fuente: Google Scholar). Por ejemplo, un artículo en la revista Nature en el 2008 cita siete distintos trabajos del Dr. Collado.
El Dr. Collado ha generado y sigue generando cambios conceptuales y nuevos métodos en la forma de modelar y concebir la regulación microbiana: el enfoque “sintáctico” o modular de la regulación es ya un concepto establecido en la regulación microbiana y de organismos superiores; la visión de sitios próximos y remotos publicada en 1992, mantiene su validez a la fecha; el análisis genómico pionero en Escherichia coli de la regulación genética es ya rutina en las ciencias genómicas; RegulonDB es fundamental para la biología de sistemas y la regulación microbiana, así como para generar y evaluar nuevos conceptos y métodos bioinformáticos a nivel genómico de redes de regulación. Su laboratorio acuñó el concepto de “genetic sensory-response units” con dos publicaciones al respecto. Recientemente publicó una redefinición de los conceptos básicos de la regulación microbiana en Nature Reviews Genetics (2020).

Reconocimiento de prestigio nacional e internacional.
La elevada calidad de su trabajo le ha granjeado reconocimientos de gran prestigio nacional e internacional desde temprana edad, como son el Premio Universidad Nacional por Investigación en Ciencias Naturales a sus 48 años, (2004) y el Premio Nacional en Ciencias y Artes (2011) en el área de Ciencias Físico-matemáticas y Naturales, en “bioinformática” como se mencionara en la entrega del premio. Es miembro del Sistema Nacional de Investigadores desde 1992 y designado nivel 3 desde 2001 (a sus 44 años).
A nivel internacional fue becario de la Fundación John Simon Guggenheim (1992); fue Robert F. Kennedy Visiting Professorship de la Universidad de Harvard (2007), reconocimiento otorgado a muy pocos científicos latinoamericanos, y el Premio Scopus de Elsevier en el 2007. Ha sido reconocido como “ISCB Distinguished Fellow Class 2015” (único latinoamericano actualmente) de la International Society for Computational Biology” (http://www.iscb.org/iscb-fellows) y más recientemente reconocido entre los científicos más citados en el mundo durante el 2015 por Thomson Reuters. Ver: http://stateofinnovation.thomsonreuters.com/worlds-most-influential-scientific-minds-report-2015. Es de los pocos con donativos de los Institutos Nacionales de Salud de EU (NIH por sus siglas en inglés) como investigador principal/responsable en nuestro país. Ha obtenido donativos de NIH en cuatro ciclos: 2000-04; 2004-08; 2008-12 y 2015-18. Asimismo es miembro permanente del “Genomics, Computational Biology and Technology” Study Section del NIH, comité evaluador de donativos del NIH. Fue miembro del Board of Directors de la International Society for Computational Biology y desde 2018 es Profesor Adjunto del Departamento de Bioingeniería de la Universidad de Boston.
El Dr. Collado es el científico mexicano de mayor prestigio nacional e internacional en bioinformática, con una obra original, altamente citada, pionera y ahora clásica; pilar del surgimiento de la bioinformática y las ciencias genómicas en nuestro país.

Ligas

Scopus

Teléfono: (777) 3139877
Correo: colladojulio@gmail.com

Publicaciones

AñoPublicaciónPMID
2023Collado-Vides, Julio. (2023). "Regulatory promoter architectures in the hands of thermodynamic modelling.". NATURE REVIEWS GENETICS. ():-. [doi:10.1038/s41576-023-00578-w]36747003
2022Tierrafría, V.H., Rioualen, C., Salgado, H., Lara, P., Gama-Castro, S., Lally, P., Gómez-Romero, L., Peña-Loredo, P., López-Almazo, A.G., Alarcón-Carranza, G., Betancourt-Figueroa, F., Alquicira-Hernández, S., Polanco-Morelos, J.E., García-Sotelo, J., Gaytan-Nuñez, E., Méndez-Cruz, C.F., Muñiz, L.J., Bonavides-Martínez, C., Moreno-Hagelsieb, G., Galagan, J.E., Wade, J.T., Collado-Vides, J.. (2022). "RegulonDB 11.0: Comprehensive high-throughput datasets on transcriptional regulation in Escherichia coli K-12.". Microbial genomics. 8(5):-. [doi:10.1099/mgen.0.000833]35584008
2022Femerling, G., Gama-Castro, S., Lara, P., Ledezma-Tejeida, D., Tierrafría, V.H., Muñiz-Rascado, L., Bonavides-Martínez, C., Collado-Vides, J.. (2022). "Sensory Systems and Transcriptional Regulation in Escherichia coli .". Frontiers in bioengineering and biotechnology. 10():-. [doi:10.3389/fbioe.2022.823240]35237580
2022Collado-Vides J, Gaudet P, de Lorenzo V. (2022). "Missing Links Between Gene Function and Physiology in Genomics.". FRONT PHYSIOL. 13():815874-815874. [doi:10.3389/fphys.2022.815874]35295568
2021Lithgow-Serrano, O., Gama-Castro, S., Ishida-Gutiérrez, Collado-Vides, J.. (2021). "L-Regulon: A novel “soft-curation” approach supported by a semantic enriched reading for RegulonDB literature". bioRxiv. ():-. [doi:https://doi.org/10.1101/2020.04.26.062745]
2021Keseler, I.M., Gama-Castro, S., Mackie, A., Billington, R., Bonavides-Martínez, C., Caspi, R., Kothari, A., Krummenacker, M., Midford, P.E., Muñiz-Rascado, L., Ong, W.K., Paley, S., Santos-Zavaleta, A., Subhraveti, P., Tierrafría, V.H., Wolfe, A.J., Collado-Vides, J., Paulsen, I.T., Karp, P.D.. (2021). "The EcoCyc Database in 2021.". Frontiers in Microbiology. 12():-. [doi:10.3389/fmicb.2021.711077]34394059
2021Díaz-Rodríguez, M., Lithgow-Serrano, O., Guadarrama-García, F., Tierrafría, V.H., Gama-Castro, S., Solano-Lira, H., Salgado, H., Rinaldi, F., Méndez-Cruz, C.F., Collado-Vides, J.. (2021). "Lisen&Curate: A platform to facilitate gathering textual evidence for curation of regulation of transcription initiation in bacteria.". BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE REGULATORY MECHANISMS. 1864(11-12):-. [doi:10.1016/j.bbagrm.2021.194753]34461312
2020Mejía-Almonte, C., Busby, S.J.W., Wade, J.T., van Helden, J., Arkin, A.P., Stormo, G.D., Eilbeck, K., Palsson, B.O., Galagan, J.E., Collado-Vides, J.. (2020). "Redefining fundamental concepts of transcription initiation in bacteria". NATURE REVIEWS GENETICS. 21(11):699-714. [doi:10.1038/s41576-020-0254-8]32665585
2020Villaseñor-Altamirano AB, Moretto M, Maldonado M, Zayas-Del Moral A, Munguía-Reyes A, Romero Y, García-Sotelo JS, Aguilar LA, Aldana-Assad O, Engelen K, Selman M, Collado-Vides J, Balderas-Martínez YI, Medina-Rivera A. (2020). "PulmonDB: a curated lung disease gene expression database.". SCIENTIFIC REPORTS. 10(1):514-514. [doi:10.1038/s41598-019-56339-5]31949184
2020Méndez-Cruz, C.F., Blanchet, A., Godínez, A., Arroyo-Fernández, I., Gama-Castro, S., Martínez-Luna, S.B., González-Colín, C., Collado-Vides, J.. (2020). "Knowledge extraction for assisted curation of summaries of bacterial transcription factor properties.". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2020():-. [doi:10.1093/database/baaa109]33306798
2019Tierrafría, V.H., Mejía-Almonte, C., Camacho-Zaragoza, J.M., Salgado, H., Alquicira, K., Ishida, C., Gama-Castro, S., Collado-Vides, J.. (2019). "MCO: towards an ontology and unified vocabulary for a framework-based annotation of microbial growth conditions.". Bioinformatics. 35(5):856-864. [doi:10.1093/bioinformatics/bty689]30137210
2019Lithgow-Serrano, O., Collado-Vides, J.. (2019). "In the pursuit of semantic similarity for literature on microbial transcriptional regulation". JOURNAL OF INTELLIGENT & FUZZY SYSTEMS. 36(5):4777-4786. [doi:10.3233/JIFS-179026]
2019Santos-Zavaleta, A., Salgado, H., Gama-Castro, S., Sánchez-Pérez, M., Gómez-Romero, L., Ledezma-Tejeida, D., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Muñiz-Rascado, L.J., Peña-Loredo, P., Ishida-Gutiérrez, C., Velázquez-Ramírez, D.A., Del Moral-Chávez, V., Bonavides-Martínez, C., Méndez-Cruz, C.F., Galagan, J., Collado-Vides, J.. (2019). "RegulonDB v 10.5: tackling challenges to unify classic and high throughput knowledge of gene regulation in E. coli K-12". Nucleic Acids Research. 47(D1):212-220. [doi:10.1093/nar/gky1077]30395280
2019Santos-Zavaleta, A., Pérez-Rueda, E., Sánchez-Pérez, M., Velázquez-Ramírez, D.A., Collado-Vides, J.. (2019). "Tracing the phylogenetic history of the Crl regulon through the Bacteria and Archaea genomes.". Bmc Genomics. 20(1):-. [doi:10.1186/s12864-019-5619-z]30991941
2019Rioualen, C., Charbonnier-Khamvongsa, L., Collado-Vides, J., van Helden, J.. (2019). "Integrating Bacterial ChIP-seq and RNA-seq Data With SnakeChunks.". Current Protocols in Bioinformatics. 66(1):-. [doi:10.1002/cpbi.72]30786165
2019Ledezma-Tejeida D, Altamirano-Pacheco L, Fajardo V, Collado-Vides J. (2019). "Limits to a classic paradigm: most transcription factors in E. coli regulate genes involved in multiple biological processes.". Nucleic Acids Research. 47(13):6656-6667. [doi:10.1093/nar/gkz525]31194874
2019Lithgow-Serrano, O., Gama-Castro, S., Ishida-Gutiérrez, C., Mejía-Almonte, C., Tierrafría, V.H., Martínez-Luna, S., Santos-Zavaleta, A., Velázquez-Ramírez, D., Collado-Vides, J.. (2019). "Similarity corpus on microbial transcriptional regulation.". JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS. 10(1):-. [doi:10.1186/s13326-019-0200-x]31118102
2018Santos-Zavaleta, Alberto, Sanchez-Perez, Mishael, Salgado, Heladia, Velazquez-Ramirez, David A., Gama-Castro, Socorro, Tierrafria, Victor H., Busby, Stephen J. W., Aquino, Patricia, Fang, Xin, Palsson, Bernhard O., Galagan, James E., Collado-Vides, Julio. (2018). "A unified resource for transcriptional regulation in Escherichia coli K-12 incorporating high-throughput-generated binding data into RegulonDB version 10.0". BMC BIOLOGY. 16(1):91-91. [doi:10.1186/s12915-018-0555-y]30115066
2018Salgado, H., Martínez-Flores, I., Bustamante, V.H., Alquicira-Hernández, K., García-Sotelo, J.S., García-Alonso, D., Collado-Vides, J.. (2018). "Using RegulonDB, the Escherichia coli K-12 Gene Regulatory Transcriptional Network Database.". Current Protocols in Bioinformatics. 61(1):1321-13230. [doi:10.1002/cpbi.43]30040192
2018Balderas-Martinez, Y. I., Moreno-Quiroga, B., Negreros, M., Ledezma-Tejeida, D., Pardo, A., Collado-Vides, J., Selman, M.. (2018). "Proof of Concept of Eukaryotic Genetic Sensory Response Units in TGF-beta Signaling in Idiopathic Pulmonary Fibrosis". AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE. 197():-.
2018Villasenor-Altamirano, A. B., Balderas-Martinez, Y. I., Moretto, M., Zayas-Del Moral, A., Maldonado, M., Munguia-Reyes, A., Garcia-Sotelo, J. S., Aguilar Bautista, L. A., Ramirez-Navarro, L., Santillan, O., Engelen, K., Selman, M., Medina-Rivera, A., Collado-Vides, J.. (2018). "PulmonDB: A Gene Expression Lung Diseases". AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE. 197():-.
2017Méndez-Cruz CF, Gama-Castro S, Mejía-Almonte C, Castillo-Villalba MP, Muñiz-Rascado LJ, Collado-Vides J. (2017). "First steps in automatic summarization of transcription factor properties for RegulonDB: classification of sentences about structural domains and regulated processes". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2017():-. [doi:10.1093/database/bax070]29220462
2017Keseler, I.M., Mackie, A., Santos-Zavaleta, A., Billington, R., Bonavides-Martínez, C., Caspi, R., Fulcher, C., Gama-Castro, S., Kothari, A., Krummenacker, M., Latendresse, M., Muñiz-Rascado, L., Ong, Q., Paley, S., Peralta-Gil, M., Subhraveti, P., Velázquez-Ramírez, D.A., Weaver, D., Collado-Vides, J., Paulsen, I., Karp, P.D.. (2017). "The EcoCyc database: reflecting new knowledge about Escherichia coli K-12.". Nucleic Acids Research. 45(D1):543-550. [doi:10.1093/nar/gkw1003]27899573
2017Castillo-Villalba MP, Gomez-Romero, Laura, Collado-Vides, Julio. (2017). "Genetic-metabolic networks can be modeled as toric varities". arXiv. ():-. [doi:arXiv:1708.05384v1]
2017Balderas-Martínez YI, Rinaldi F, Contreras G, Solano-Lira H, Sánchez-Pérez M, Collado-Vides J, Selman M, Pardo A. (2017). "Improving biocuration of microRNAs in diseases: a case study in idiopathic pulmonary fibrosis". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2017():-. [doi:10.1093/database/bax030]28605770
2017Rinaldi F, Lithgow O, Gama-Castro S, Solano H, Lopez A, Muñiz Rascado LJ, Ishida-Gutiérrez C, Méndez-Cruz CF, Collado-Vides J. (2017). "Strategies towards digital and semi-automated curation in RegulonDB". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2017(1):-. [doi:10.1093/database/bax012]28365731
2017Pannier L, Merino E, Marchal K, Collado-Vides J. (2017). "Effect of genomic distance on coexpression of coregulated genes in E. coli". Plos One. 12(4):-. [doi:10.1371/journal.pone.0174887]28419102
2017Ledezma-Tejeida D, Ishida C, Collado-Vides J. (2017). "Genome-wide mapping of transcriptional regulation and metabolism describes information-processing units in Escherichia coli". Frontiers in Microbiology. 8(AUG):1466-1466. [doi:10.3389/fmicb.2017.01466]28824593
2016Martínez-Flores I, Pérez-Morales D, Sánchez-Pérez M, Paredes CC, Collado-Vides J, Salgado H, Bustamante VH. (2016). "In Silico clustering of Salmonella global gene expression data reveals novel genes co-regulated with the SPI-1 virulence genes through HilD". SCIENTIFIC REPORTS. 6():37858-37858. [doi:10.1038/srep37858]27886269
2016Moretto, M., Sonego, P., Dierckxsens, N., Brilli, M., Bianco, L., Ledezma-Tejeida, D., Gama-Castro, S., Galardini, M., Romualdi, C., Laukens, K., Collado-Vides, J., Meysman, P., Engelen, K.. (2016). "COLOMBOS v3.0: Leveraging gene expression compendia for cross-species analyses". Nucleic Acids Research. 44(D1):620-623. [doi:10.1093/nar/gkv1251]26586805
2016Gama-Castro, S., Salgado, H., Santos-Zavaleta, A., Ledezma-Tejeida, D., Muñiz-Rascado, L., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Martínez-Flores, I., Pannier, L., Castro-Mondragón, J.A., Medina-Rivera, A., Solano-Lira, H., Bonavides-Martínez, C., Pérez-Rueda, E., Alquicira-Hernández, S., Porrón-Sotelo, L., López-Fuentes, A., Hernández-Koutoucheva, A., Del Moral-Chavez, V., Rinaldi, F., Collado-Vides, J.. (2016). "RegulonDB version 9.0: High-level integration of gene regulation, coexpression, motif clustering and beyond". Nucleic Acids Research. 44(D1):133-143. [doi:10.1093/nar/gkv1156]26527724
2015Alvarez-Vasquez, Fernando J., Freyre-Gonzalez, Julio A., Balderas-Martinez, Yalbi I., Delgado-Carrillo, Monica I., Collado-Vides, Julio. (2015). "Mathematical modeling of the apo and holo transcriptional regulation in Escherichia coli". Molecular Biosystems. 11(4):994-1003. [doi:10.1039/c4mb00561a]25683745
2014Meysman, P., Sonego, P., Bianco, L., Fu, Q., Ledezma, D., Gama, M., Liebens, V., Laukens, K., Marchal, K., Collado, P., Engelen, K.. (2014). "COLOMBOS v2.0: An ever expanding collection of bacterial expression compendia". Nucleic Acids Research. 42(D1):649-653. [doi:10.1093/nar/gkt1086]24214998
2014Meysman, Pieter, Collado-Vides, Julio, Morett, Enrique, Viola, Roberto, Engelen, Kristof, Laukens, Kris. (2014). "Structural properties of prokaryotic promoter regions correlate with functional features". Plos One. 9(2):-. [doi:10.1371/journal.pone.0088717]24516674
2014Gama, M., Rinaldi, F., López, A., Balderas, Y., Clematide, S., Ellendorff, T.R., Santos, A., Marques-Madeira, H., Collado, P.. (2014). "Assisted curation of regulatory interactions and growth conditions of OxyR in E. Colik-12". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2014():-. [doi:10.1093/database/bau049]24903516
2014Martinez, L.C., Martínez, I., Salgado, H., Fernández-Mora, M., Medina, A., Puente, J.L., Collado, P., Bustamante, V.H.. (2014). "In Silico identification and experimental characterization of regulatory elements controlling the expression of the Salmonella csrB and csrC genes". Journal Of Bacteriology. 196(2):325-336. [doi:10.1128/JB.00806-13]24187088
2013Keseler, I.M., Mackie, A., Peralta, M., Santos, A., Gama, M., Bonavides, C., Fulcher, C., Huerta, A., Kothari, A., Krummenacker, M., Latendresse, M., Muñíz, L., Ong, Q., Paley, S., Schroder, I., Shearer, A.G., Subhraveti, P., Travers, M., Weerasinghe, D., Weiss, V., Collado, P., Gunsalus, R.P., Paulsen, I., Karp, P.D.. (2013). "EcoCyc: Fusing model organism databases with systems biology". Nucleic Acids Research. 41(D1):605-612. [doi:10.1093/nar/gks1027]23143106
2013Salgado, H., Peralta, M., Gama, M., Santos, A., Muñíz, L., Garcia, J., Weiss, V., Solano, H., Martínez, I., Medina, A., Salgado, G., Alquicira, S., Alquicira, K., López, A., Porrón, L., Huerta, A., Bonavides, C., Balderas, Y., Pannier, L., Olvera, M., Labastida, A., Jiménez-Jacinto, V., Vega-Alvarado, L., del Moral, V., Hernández, A., Morett, E., Collado, P.. (2013). "RegulonDB v8.0: Omics data sets, evolutionary conservation, regulatory phrases, cross-validated gold standards and more". Nucleic Acids Research. 41(D1):203-213. [doi:10.1093/nar/gks1201]23203884
2013Balderas, Y., Savageau, M., Salgado, H., Pérez-Rueda, E, Morett, E., Collado, P.. (2013). "Transcription Factors in Escherichia coli Prefer the holo Conformation". Plos One. 8(6):-. [doi:10.1371/journal.pone.0065723]23776535
2013Weiss, V., Medina-Rivera, A, Huerta, AM, Santos-Zavaleta, A, Salgado, H, Morett, E., Collado-Vides, J. (2013). "Evidence classification of high-throughput protocols and confidence integration in RegulonDB". DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION. 2013():-. [doi:10.1093/database/bas059]23327937
2012Pauling, J., Rottger, R., Neuner, A., Salgado, H., Collado, P., Kalaghatgi, P., Azevedo, V., Tauch, A., Puhlerg, A., Baumbach, J.. (2012). "On the trail of EHEC/EAEC - Unraveling the gene regulatory networks of human pathogenic Escherichia coli bacteria". Integrative Biology. 4(7):728-733. [doi:10.1039/c2ib00132b]22318347
2012Salgado, H., Martínez, I., López, A., Garcia, J., Porrón, L., Muñíz, L., Collado, P.. (2012). "Extracting regulatory networks of Escherichia coli from RegulonDB". Methods in Molecular Biology. 804():179-195. [doi:10.1007/978-1-61779-361-5_10]22144154
2011Salgado Osorio, Heladia, Martínez Flores, Irma, López Fuentes, Alejandra Cristina, Garcia Sotelo, Jair Santiago, Porrón Sotelo, Liliana, Muñíz Rascado, Luis José, Collado Vides, Pedro Julio. (2011). "Extracting regulatory networks of/Escherichia coli/from RegulonDB". Bacterial Molecular Networks: Methods and Protocols. ():-.
2011Keseler, I.M., Collado, P., Santos, A., Peralta, M., Gama, M., Muñíz, L., Bonavides, C., Paley, S., Krummenacker, M., Altman, T., Spaulding, A., Spaulding, A., Pacheco, J., Latendresse, M., Fulcher, C., Sarker, M., Shearer, A.G., Mackie, A., Paulsen, I., Gunsalus, R.P., Karp, P.D.. (2011). "EcoCyc: A comprehensive database of Escherichia coli biology". Nucleic Acids Research. 39(SUPPL. 1):583-590. [doi:10.1093/nar/gkq1143]21097882
2011Gama, M., Salgado, H., Peralta, M., Santos, A., Muñíz, L., Solano, H., Jimenez-Jacinto, V., Weiss, V., Garcia, J., López, A., Porrón, L., Alquicira, S., Medina, A., Martínez, I., Alquicira, K., Martínez, R., Bonavides, C., Miranda-Ríos, J., Huerta, A., Mendoza-Vargas, A., Collado, L., Taboada, B., Vega-Alvarado, L., Olvera, M., Olvera, L., Grande, R., Morett, E., Collado, P.. (2011). "RegulonDB version 7.0: Transcriptional regulation of Escherichia coli K-12 integrated within genetic sensory response units (Gensor Units)". Nucleic Acids Research. 39(SUPPL. 1):98-105. [doi:10.1093/nar/gkq1110]21051347
2011Medina, A., Abreu-Goodger, C., Thomas-Chollier, M., Salgado, H., Collado, P., Van Helden, J.. (2011). "Theoretical and empirical quality assessment of transcription factor-binding motifs". Nucleic Acids Research. 39(3):808-824. [doi:10.1093/nar/gkq710]20923783
2010Salgado Osorio, Heladia, López Fuentes, Alejandra Cristina, Martínez Flores, Irma, Garcia Sotelo, Jair Santiago, Porrón Sotelo, Liliana, Solano Lira, Hilda, Muñíz Rascado, Luis José, Collado Vides, Pedro Julio. (2010). "Extracting regulatory networks of Escherichia coli from RegulonDB". Bacterial Molecular Networks: Methods and Protocols. ():-.
2010Demir, E., Cary, M.P., Paley, S., Fukuda, K., Lemer, C., Vastrik, I., Wu, G.N., D Eustachio, P., Schaefer, C., Luciano, J., Schacherer, F., Martínez, I., Hu, Z.J., Jiménez-Jacinto, V., Joshi-Tope, G., Kandasamy, K., López-Fuentes, A.C., Mi, H.Y., Pichler, E., Rodchenkov, I., Splendiani, A., Tkachev, S., Zucker, J., Gopinath, G., Rajasimha, H., Ramakrishnan, R., Shah, I., Syed, M., Anwar, N., Babur, O., Blinov, M., Brauner, E., Corwin, D., Donaldson, S., Gibbons, F., Goldberg, R., Hornbeck, P., Luna, A., Murray-Rust, P., Neumann, E., Reubenacker, O., Samwald, M., van Iersel, M., Wimalaratne, S., Allen, K., Braun, B., Whirl-Carrillo, M., Cheung, K.H., Dahlquist, K., Finney, A., Gillespie, M., Glass, E., Gong, L., Haw, R., Honig, M., Hubaut, O., Kane, D., Krupa, S., Kutmon, M., Leonard, J., Marks, D., Merberg, D., Petri, V., Pico, A., Ravenscroft, D., Ren L.Y., Shah, N., Sunshine, M., Tang, R., Whaley, R., Letovksy, S., Buetow, K.H., Rzhetsky, A., Schachter, V., Sobral, B., Dogrusoz, U., McWeeney, S., Aladjem, M., Birney, E., Collado, P., Goto, S., Hucka, M., Le Novere, N., Maltsev, N., Pandey, A., Thomas, P., Wingender, E., Karp, P.D., Sander, C., Bader, G.D.. (2010). "The BioPAX community standard for pathway data sharing". Nature Biotechnology. 28(9):935-942. [doi:10.1038/nbt.1666]20829833
2010Martínez Flores, Irma, Jiménez-Jacinto, V., López Fuentes, Alejandra Cristina, Collado Vides, Pedro Julio. (2010). "Expanding BioPAX format by integrating Gene Regulation". EMBnet.journal. 16():39-43.
2009Martinez-Antonio, Agustino, Medina-Rivera, Alejandra, Collado-Vides, Julio. (2009). "Structural and functional map of a bacterial nucleoid". Genome Biology. 10(12):247-247. [doi:10.1186/gb-2009-10-12-247]19995411
2009Lozada-Chvez, Irma, Contreras-Moreira, Bruno, Collado-Vides, Julio. (2009). "Evolution of Bacterial Regulatory Networks:"The Role of DNA-Binding Specificity"". Origins Of Life And Evolution Of Biospheres. 39(3-4):280-281.
2009Gonzalez Perez, Abel, Espinosa Angarica, Vladimir, Collado-Vides, Julio, Ribeiro Vasconcelos, Ana Tereza. (2009). "From sequence to dynamics: The effects of transcription factor and polymerase concentration changes on activated and repressed promoters". Bmc Molecular Biology. 10():92-92. [doi:10.1186/1471-2199-10-92]19772633
2009Collado-Vides, Julio, Salgado, Heladia, Morett, Enrique, Gama-Castro, Socorro, Jimenez-Jacinto, Veronica, Martinez-Flores, Irma, Medina-Rivera, Alejandra, Muniz-Rascado, Luis, Peralta-Gil, Martin, Santos-Zavaleta, Alberto. (2009). "Bioinformatics resources for the study of gene regulation in bacteria". Journal Of Bacteriology. 91(1):23-31. [doi:10.1128/JB.01017-08]18978060
2009Balleza, Enrique, Lopez-Bojorquez, Lucia N., Martinez-Antonio, Agustino, Resendis-Antonio, Osbaldo, Lozada-Chavez, Irma, Balderas-Martinez, Yalbi I., Encarnacion, Sergio, Collado-Vides, Julio. (2009). "Regulation by transcription factors in bacteria: Beyond description". Fems Microbiology Reviews. 33(1):133-151. [doi:10.1111/j.1574-6976.2008.00145.x]19076632
2009Lemmens, K., De Bie, T., Dhollander, T., Monsieurs, P., De Moor, B., Collado, P., Engelen, K., Marchal, K.. (2009). "The condition-dependent transcriptional network in Escherichia coli". Annals of the New York Academy of Sciences. 1158():29-35. [doi:10.1111/j.1749-6632.2008.03746.x]19348629
2009Lemmens, Karen, De Bie, Tijl, Dhollander, Thomas, De Keersmaecker, Sigrid C., Thijs, Inge M., Schoofs, Geert, De Weerdt, Ami, De Moor, Bart, Vanderleyden, Jos, Collado-Vides, Julio, Engelen, Kristof, Marchal, Kathleen. (2009). "DISTILLER: A data integration framework to reveal condition dependency of complex regulons in Escherichia coli". Genome Biology. 10(3):-. [doi:10.1186/gb-2009-10-3-r27]19265557
2009Mendoza-Vargas, Alfredo, Olvera, Leticia, Olvera, Maricela, Grande, Ricardo, Vega-Alvarado, Leticia, Taboada, Blanca, Jimenez-Jacinto, Veronica, Salgado, Heladia, Juarez, Katy, Contreras-Moreira, Bruno, Huerta, Araceli M., Collado-Vides, Julio, Morett, Enrique. (2009). "Genome-wide identification of transcription start sites, promoters and transcription factor binding sites in E. coli". Plos One. 4(10):-. [doi:10.1371/journal.pone.0007526]19838305
2008Freyre, J., Alonso, J., Treviño, L., Collado, P.. (2008). "Functional architecture of Escherichia coli: New insights provided by a natural decomposition approach". Genome Biology. 9(10):154-. [doi:10.1186/gb-2008-9-10-r154]18954463
2008Lozada-Chavez, Irma, Angarica, Vladimir Espinosa, Collado-Vides, Julio, Contreras-Moreira, Bruno. (2008). "The Role of DNA-binding Specificity in the Evolution of Bacterial Regulatory Networks". Journal Of Molecular Biology. 379(3):627-643. [doi:10.1016/j.jmb.2008.04.008]18466918
2008Janga, Sarath Chandra, Collado-Vides, Julio, Babu, M. Madan. (2008). "Transcriptional regulation constrains the organization of genes on eukaryotic chromosomes". PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 105(41):15761-15766. [doi:10.1073/pnas.0806317105]18840678
2008Perez, A.D.G., Gonzalez, E.G., Angarica, V.E., Vasconcelos, A.T.R., Collado, P.. (2008). "Impact of Transcription Units rearrangement on the evolution of the regulatory network of gamma-proteobacteria". Bmc Genomics. 9():128-128. [doi:10.1186/1471-2164-9-128]18366643
2008Martínez-Antonio, A., Collado Vides, Pedro Julio. (2008). "Comparative mechanisms for transcription and regulatory signals in archaea and bacteria". Computational Methods for Understanding Bacterial and Archaeal Genomes. (0):185-208.
2008Espinosa Angarica, Vladimir, Gonzalez Perez, Abel, Vasconcelos, Ana T., Collado-Vides, Julio, Contreras-Moreira, Bruno. (2008). "Prediction of TF target sites based on atomistic models of protein-DNA complexes". Bmc Bioinformatics. 9():436-436. [doi:10.1186/1471-2105-9-436]18922190
2008Gama, M., Jiménez, V., Peralta, M., Santos, A., Peñaloza, M., Contreras, B., Segura, J., Muñíz, L., Martínez, I., Salgado, H., Bonavides, C., Abreu, C., Rodríguez, C., Miranda-Ríos, J., Morett, J., Merino, E., Huerta, A., Treviño, L., Collado, P.. (2008). "RegulonDB (version 6.0): Gene regulation model of Escherichia coli K-12 beyond transcription, active (experimental) annotated promoters and Textpresso navigation". Nucleic Acids Research. 36(SUPPL. 1):120-124. [doi:10.1093/nar/gkm994]18158297
2007Perez, A.G., Angarica, V.E., Vasconcelos, A.T.R., Collado, P.. (2007). "Tractor_DB (version 2.0): A database of regulatory interactions in gamma-proteobacterial genomes". Nucleic Acids Research. 35(SUPPL. 1):132-136. [doi:10.1093/nar/gkl800]17088283
2007Rodríguez Penagos, Carlos, Salgado Osorio, Heladia, Martínez Flores, Irma, Collado Vides, Pedro Julio. (2007). "NLP-Based Curation of Bacterial Regulatory Networks". CICLing. ():575-586.
2007Rodríguez Penagos, Carlos, Martínez Flores, Irma, Salgado Osorio, Heladia, Collado Vides, Pedro Julio. (2007). "NLP-based curation of bacterial regulatory networks". Computational Linguistics And Intelligent Text Processing. 4394():575-.
2007Janga, S., Salgado, H., Collado, P., Martínez, A.. (2007). "Internal Versus External Effector and Transcription Factor Gene Pairs Differ in Their Relative Chromosomal Position in Escherichia coli". Journal Of Molecular Biology. 368(1):263-272. [doi:10.1016/j.jmb.2007.01.019]17321548
2007Contreras, B., Fernández, P., Collado, P.. (2007). "TFmodeller: Comparative modelling of protein-DNA complexes". Bioinformatics. 23(13):1694-1696. [doi:10.1093/bioinformatics/btm148]17459960
2007Karp, P.D., Keseler, I.M., Shearer, A., Latendresse, M., Krummenacker, M., Paley, S.M., Paulsen, I., Collado, P., Gama, M., Peralta, M., Santos, A., Peñaloza, M., Bonavides, C., Ingraham, J.. (2007). "Multidimensional annotation of the Escherichia coli K-12 genome". Nucleic Acids Research. 35(22):7577-7590. [doi:10.1093/nar/gkm740]17940092
2007Gutierrez-Rios, R.M., Freyre, J., Resendis, O., Collado, P., Saier, M., Gosset, G.. (2007). "Identification of regulatory network topological units coordinating the genome-wide transcriptional response to glucose in Escherichia coli". Bmc Microbiology. 7():53-53. [doi:10.1186/1471-2180-7-53]17559662
2007Rodríguez, C., Salgado, H., Martínez, I., Collado, P.. (2007). "Automatic reconstruction of a bacterial regulatory network using Natural Language Processing". Bmc Bioinformatics. 8():293-293. [doi:10.1186/1471-2105-8-293]17683642
2007Palacios, Rafael, Collado-Vides, Julio. (2007). "Development of genomic sciences in Mexico: A good start and a long way to go". Plos Computational Biology. 3(9):1670-1673. [doi:10.1371/journal.pcbi.0030143]17907791
2007Rodríguez-Penagos, C., Salgado, H., Martínez-Flores, I., Collado-Vides, J.. (2007). "NLP-based curation of bacterial regulatory networks". LECTURE NOTES IN COMPUTER SCIENCE. 4394 LNCS():575-586. [doi:10.1007/978-3-540-70939-8_51]
2007Resendis, O., Reed, J.L., Encarnación, S., Collado, P., Palsson, B.O.. (2007). "Metabolic reconstruction and modeling of nitrogen fixation in Rhizobium etli". Plos Computational Biology. 3(10):1887-1895. [doi:10.1371/journal.pcbi.0030192]17922569
2007Janga, S., Salgado, H., Martínez, A., Collado, P.. (2007). "Coordination logic of the sensing machinery in the transcriptional regulatory network of Escherichia coli". Nucleic Acids Research. 35(20):6963-6972. [doi:10.1093/nar/gkm743]17933780
2007Janga, Sarath Chandra, Collado-Vides, J.. (2007). "Structure and evolution of gene regulatory networks in microbial genomes". Research In Microbiology. 158(10):787-794. [doi:10.1016/j.resmic.2007.09.001]17996425
2006Martínez, A., Janga, S., Salgado, H., Collado, P.. (2006). "Internal-sensing machinery directs the activity of the regulatory network in Escherichia coli". TRENDS IN MICROBIOLOGY. 14(1):22-27. [doi:10.1016/j.tim.2005.11.002]16311037
2006Santos-Zavaleta, A., Salgado, H., Gama-Castro, S., Peralta-Gil, M., Contreras-Moreira, B., Penaloza-Spinola, M., I, Collado-Vides, J.. (2006). "RegulonDB. The most important database in transcriptional regulatory network, operon organization, and growth conditions of Escherichia coli K12". Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure, Vol 3. ():323-323.
2006Lozada-Chavez, Irma, Janga, Sarath Chandra, Collado-Vides, Julio. (2006). "Bacterial regulatory networks are extremely flexible in evolution". Nucleic Acids Research. 34(12):3434-3445. [doi:10.1093/nar/gkl423]16840530
2006Huerta, A., Francino, M.P., Morett, J., Collado, P.. (2006). "Selection for unequal densities of s70promoter-like signals in different regions of large bacterial genomes". Plos Genetics. 2(11):1740-1750. [doi:10.1371/journal.pgen.0020185]17096598
2006Peñaloza Spinola, Mónica Ivonne, Peralta Gil, Martín, Gama Castro, Ma. del Socorro, Contreras Moreira, Bruno, Santos Zavaleta, Alberto, Martínez Flores, Irma, Collado Vides, Pedro Julio. (2006). "RegulonDB: Going beyond transcriptional regulation". Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure, Vol 3. ():322-322.
2006Contreras, B., Collado, P.. (2006). "Comparative footprinting of DNA-binding proteins". Bioinformatics. 22(14):74-80. [doi:10.1093/bioinformatics/btl215]16873524
2006Huerta, A., Collado, P., Francino, M.P.. (2006). "Positional conservation of clusters of overlapping promoter-like sequences in enterobacterial genomes". MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION. 23(5):997-1010. [doi:10.1093/molbev/msk004]16547149
2006González, V., Santamaria, R., Bustos, V., Hernández, I., Medrano, L., Moreno, G., Janga, S., Ramírez, M., Jiménez, V., Collado, P., Dávila, J.. (2006). "The partitioned Rhizobium etli genome: Genetic and metabolic redundancy in seven interacting replicons". PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 103(10):3834-3839. [doi:10.1073/pnas.0508502103]16505379
2006Salgado, H., Santos, A., Gama, M., Peralta, M., Peñaloza, M., Martínez, A., Karp, P.D., Collado, P.. (2006). "The comprehensive updated regulatory network of Escherichia coli K-12". Bmc Bioinformatics. 7():5-5. [doi:10.1186/1471-2105-7-5]16398937
2006Salgado, H., Gama, M., Peralta, M., Díaz, E., Sánchez, E., Santos, A., Martínez, I., Jiménez, V., Bonavides, C., Segura, J., Martínez, A., Collado, P.. (2006). "RegulonDB (version 5.0): Escherichia coli K-12 transcriptional regulatory network, operon organization, and growth conditions.". Nucleic Acids Research. 34(Database issue):394-397. [doi:10.1093/nar/gkj156]16381895
2005Janga, SC, Collado-Vides, J, Moreno-Hagelsieb, G. (2005). "Nebulon: A system for the inference of functional relationships of gene products from the rearrangement of predicted operons". Nucleic Acids Research. 33(8):2521-2530. [doi:10.1093/nar/gki545]15867197
2005Le Novere, N., Finney, A., Hucka, M., Bhalla, U.S., Campagne, F., Collado, P., Crampin, E.J., Halstead, M., Klipp, E., Mendes, P., Nielsen, P., Sauro, H., Shapiro, B., Snoep, J.L., Spence, H.D., Wanner, B.L.. (2005). "Minimum information requested in the annotation of biochemical models (MIRIAM)". Nature Biotechnology. 23(12):1509-1515. [doi:10.1038/nbt1156]16333295
2005Espinosa, V., Gonzalez, A.D., Vasconcelos, A.T., Huerta, A., Collado, P.. (2005). "Comparative studies of transcriptional regulation mechanisms in a group of eight gamma-proteobacterial genomes". Journal Of Molecular Biology. 354(1):184-199. [doi:10.1016/j.jmb.2005.09.037]16236313
2005Flores, M., Morales, L., Ávila, A., González, V., Bustos, V., García, D., Pérez-Tejada, Y., Guo, X., Collado, P., Pinero, D., Dávila, J., Mora, J., Palacios, R.. (2005). "Diversification of DNA sequences in the symbiotic genome of Rhizobium etli". Journal Of Bacteriology. 187(21):7185-7192. [doi:10.1128/JB.187.21.7185-7192.2005]16237002
2005Guia, M.H., Perez, A.G., Angarica, V.E., Vasconcelos, A.T., Collado Vides, Pedro Julio. (2005). "Complementing computationally predicted regulatory sites in Tractor_DB using a pattern matching approach". In Silico Biology: Journal of Biological Systems Modeling and Multi-Scale Simulation. 5(2):209-219. 15972018
2005Menchaca, R., Janga, S., Collado, P.. (2005). "The network of transcriptional interactions imposes linear constrains in the genome". OMICS-A JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY. 9(2):139-145. [doi:10.1089/omi.2005.9.139]15969646
2005Ibarra-Junquera, V, Torres, LA, Rosu, HC, Arguello, G, Collado-Vides, J. (2005). "Nonlinear software sensor for monitoring genetic regulation processes with noise and modeling errors". PHYSICAL REVIEW E. 72(1):11919-11919. [doi:10.1103/PhysRevE.72.011919]16090013
2005Medrano-Soto, A, Christen, JA, Collado-Vides, J. (2005). "BClass: A Bayesian approach based on mixture models for clustering and classification of heterogeneous biological data". JOURNAL OF STATISTICAL SOFTWARE. 13(2):1-18. [doi:10.18637/jss.v013.i02]
2005Gonzalez, A.D., Espinosa, V., Vasconcelos, A.T., Perez-Rueda, E., Collado, P.. (2005). "TRACTOR_DB: A database of regulatory networks in gamma-proteobacterial genomes". Nucleic Acids Research. 33(DATABASE ISS.):98-102. [doi:10.1093/nar/gki054]15608293
2005Keseler, I.M., Collado, P., Gama, M., Ingraham, J., Paley, S., Paulsen, I.T., Peralta, M., Karp, P.D.. (2005). "EcoCyc: A comprehensive database resource for Escherichia coli". Nucleic Acids Research. 33(DATABASE ISS.):334-337. [doi:10.1093/nar/gki108]15608210
2005Resendis, O., Freyre, J., Menchaca, R., Gutiérrez, R., Martínez, A., Ávila, C., Collado, P.. (2005). "Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli". TRENDS IN GENETICS. 21(1):16-20. [doi:10.1016/j.tig.2004.11.010]15680508
2004Karp, PD, Arnaud, M, Collado-Vides, J, Ingraham, J, Paulsen, IT, Saier, MH. (2004). "The E. coli EcoCyc database: No longer just a metabolic pathway database". Asm News. 70(1):25-30.
2004Perez-Rueda, E., Collado, P., Segovia, L.. (2004). "Phylogenetic distribution of DNA-binding transcription factors in bacteria and archaea". COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY. 28(5-6):341-350. [doi:10.1016/j.compbiolchem.2004.09.004]15556475
2004Resendis-Antonio, O, Collado-Vides, J. (2004). "The growth of random networks as a diffusion process". PHYSICA A-STATISTICAL MECHANICS AND ITS APPLICATIONS. 342(3-4):551-560. [doi:10.1016/j.physa.2004.05.037]
2004Medrano, L., Moreno, G., Vinuesa, P., Christen, J.A., Collado, P.. (2004). "Successful lateral transfer requires codon usage compatibility between foreign genes and recipient genomes". MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION. 21(10):1884-1894. [doi:10.1093/molbev/msh202]15240837
2004Salgado, H., Gama, M., Martínez, A., Díaz, E., Sánchez, E., Peralta, M., García, D., Jiménez, V., Santos, A., Bonavides, C., Collado, P.. (2004). "RegulonDB (version 4.0): Transcriptional regulation, operon organization and growth conditions in Escherichia coli K-12". Nucleic Acids Research. 32(DATABASE ISS.):303-306. [doi:10.1093/nar/gkh140]14681419
2004Oviedo, N.A., Salgado, H., Collado, P., Guarneros, G.. (2004). "Distribution of minigenes in the bacteriophage lambda chromosome". Gene. 329(1-2):115-124. [doi:10.1016/j.gene.2003.12.031]15033534
2003Collado Vides, Pedro Julio, Medrano Soto, Luis Arturo, Tusié-Luna, M.T.. (2003). "With the finished human genome in hand, what next?". Genome Biology. 4(7):328-328. [doi:10.1186/gb-2003-4-7-328]12844356
2003Gutiérrez, R., Rosenblueth, D.A., Loza, J., Huerta, A., Glasner, J.D., Blattner, F.R., Collado, P.. (2003). "Regulatory network of Escherichia coli: Consistency between literature knowledge and microarray profiles". GENOME RESEARCH. 13(11):2435-2443. [doi:10.1101/gr.1387003]14597655
2003Martinez-Antonio, A, Collado-Vides, J. (2003). "Identifying global regulators in transcriptional regulatory networks in bacteria". Current Opinion In Microbiology. 6(5):482-489. [doi:10.1016/j.mib.2003.09.002]14572541
2003Martínez, A., Salgado, H., Gama, M., Gutiérrez, R., Jiménez, V., Collado, P.. (2003). "Environmental Conditions and Transcriptional Regulation in Escherichia coli: A Physiological Integrative Approach". BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING. 84(7):743-749. [doi:10.1002/bit.10846]14708114
2003Jauregui, R, Abreu-Goodger, C, Moreno-Hagelsieb, G, Collado-Vides, J, Merino, E. (2003). "Conservation of DNA curvature signals in regulatory regions of prokaryotic genes". Nucleic Acids Research. 31(23):6770-6777. [doi:10.1093/nar/gkg882]14627810
2003Huerta, AM, Collado-Vides, J. (2003). "Sigma70 promoters in Escherichia coli: Specific transcription in dense regions of overlapping promoter-like signals". Journal Of Molecular Biology. 333(2):261-278. [doi:10.1016/j.jmb.2003.07.017]14529615
2003Perret, X., Kobayashi, H., Collado Vides, Pedro Julio. (2003). "Regulation of expression of symbiotic genes in Rhizobium sp. NGR234". INDIAN JOURNAL OF EXPERIMENTAL BIOLOGY. 41(10):1101-1113. 15242276
2003González, V., Bustos, V., Ramírez, M., Medrano, L., Salgado, H., Hernández, I., Hernández, J., Quintero, V., Moreno, G., Girard, M., Rodríguez, O., Flores, M., Cevallos, M., Collado, P., Romero, D., Dávila, J.. (2003). "The mosaic structure of the symbiotic plasmid of Rhizobium etli CFN42 and its relation to other symbiotic genome compartments.". Genome Biology. 4(6):-. [doi:10.1186/gb-2003-4-6-r36]12801410
2002Degrave, W.M., Vargas, R., Alvarez, F., Collado Vides, Pedro Julio, Nunez, L., Ramirez, J.L., Grau, O.. (2002). "Towards a bioinformatics network for Latin America and the Caribbean (LACBioNet).". Applied Bioinformatics. 1(1):53-56. 15130857
2002Huerta, AM, Glasner, JD, Gutierrez-Rios, RM, Blattner, FR, Collado-Vides, J. (2002). "GETools: gene expression tool for analysis of transcriptome experiments in E. coli". TRENDS IN GENETICS. 18(4):217-218. [doi:10.1016/S0168-9525(01)02620-8]
2002Collado Vides, Pedro Julio, Moreno Hagelsieb, Gabriel, Pérez Rueda, Ernesto, Salgado Osorio, Heladia, Huerta Moreno, Araceli, Gutiérrez Ríos, Rosa María, Rosenblueth, David A., Christen, Andrés, Benítez Bellón, Esperanza, Medrano Soto, Luis Arturo, Gama Castro, Ma. del Socorro, Santos Zavaleta, Alberto, Bonavides Martínez, César Augusto, DíPeredo, Edgar, Sánchez Solano, Erika Fabiola, Millá, Dulce María. (2002). "Genomics of Gene Regulation: The view from Escherichia coli". Gene Regulation and Metabolism, Post-Genomic Computational Approaches. ():103-128.
2002Moreno Hagelsieb, Gabriel, Collado Vides, Pedro Julio. (2002). "A powerful non-homology method for the prediction of operons in prokaryotes.". Bioinformatics. 18 Suppl 1():329-336. [doi:10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.s329]12169563
2002de Daruvar, A, Collado-Vides, J, Valencia, A. (2002). "Analysis of the cellular functions of Escherichia coli operons and their conservation in Bacillus Subtilis". Journal Of Molecular Evolution. 55(2):211-221. [doi:10.1007/s00239-002-2317-1]12107597
2002Collado-Vides, J, Moreno-Hagelsieb, G, Medrano-Soto, A. (2002). "Microbial computational genomics of gene regulation". PURE AND APPLIED CHEMISTRY. 74(6):899-905. [doi:10.1351/pac200274060899]
2002Benítez Bellón, Esperanza, Moreno Hagelsieb, Gabriel, Collado Vides, Pedro Julio. (2002). "Evaluation of thresholds for the detection of binding sites for regulatory proteins in Escherichia coli K12 DNA.". Genome Biology. 3(3):-. 11897025
2002Moreno Hagelsieb, Gabriel, Collado Vides, Pedro Julio. (2002). "Operon conservation from the point of view of Escherichia coli, and inference of functional interdependence of gene products from genome context". In Silico Biology: Journal of Biological Systems Modeling and Multi-Scale Simulation. 2(2):87-95. 12066843
2002Karp, PD, Riley, M, Saier, M, Paulsen, IT, Collado-Vides, J, Paley, SM, Pellegrini-Toole, A, Bonavides, C, Gama-Castro, S. (2002). "The EcoCyc database". Nucleic Acids Research. 30(1):56-58. [doi:10.1093/nar/30.1.56]11752253
2002Collado-Vides, J., Moreno-Hagelsieb, G., Medrano-Soto, A.. (2002). "Microbial computational genomics of gene regulation". PURE AND APPLIED CHEMISTRY. 74(6):899-905. [doi:10.1351/pac200274060899]
2001Pérez-Rueda, E, Collado-Vides, J. (2001). "Common history at the origin of the position - Function correlation in transcriptional regulators in archaea and bacteria". Journal Of Molecular Evolution. 53(3):172-179. [doi:10.1007/s002390010207]11523004
2001Tan, K., Moreno, G., Collado, P., Stormo, G.D.. (2001). "A comparative genomics approach to prediction of new members of regulons". GENOME RESEARCH. 11(4):566-584. [doi:10.1101/gr.149301]11282972
2001Moreno-Hagelsieb, G, Trevino, V, Pérez-Rueda, E, Smith, TF, Collado-Vides, J. (2001). "Transcription unit conservation in the three domains of life: A perspective from Escherichia coli". TRENDS IN GENETICS. 17(4):175-177. [doi:10.1016/S0168-9525(01)02241-7]11275307
2001Salgado, H, Santos-Zavaleta, A, Gama-Castro, S, Millen-Zarate, D, Diaz-Peredo, E, Sanchez-Solano, F, Pérez-Rueda, E, Bonavides-Martinez, C, Collado-Vides, J. (2001). "RegulonDB (version 3.2): Transcriptional regulation and operon organization in Escherichia coli K-12". Nucleic Acids Research. 29(1):72-74. [doi:10.1093/nar/29.1.72]11125053
2001Ramirez-Santos, J, Collado-Vides, J, Garcia-Varela, M, Gomez-Eichelmann, MC. (2001). "Conserved regulatory elements of the promoter sequence of the gene rpoH of enteric bacteria". Nucleic Acids Research. 29(2):380-386. [doi:10.1093/nar/29.2.380]11139607
2000Salgado, H, Santos-Zavaleta, A, Gama-Castro, S, Millan-Zarate, D, Blattner, FR, Collado-Vides, J. (2000). "RegulonDB (version 3.0): Transcriptional regulation and operon organization in Escherichia coli K-12". Nucleic Acids Research. 28(1):65-67. [doi:10.1093/nar/28.1.65]10592182
2000van Heiden, Jacques, Rios, Alma. F., Collado-Vides, Julio. (2000). "Discovering regulatory elements in non-coding sequences by analysis of spaced dyads". Nucleic Acids Research. 28(8):1808-1818. [doi:10.1093/nar/28.8.1808]10734201
2000van Helden, J., Andre, B., Collado, P.. (2000). "A web site for the computational analysis of yeast regulatory sequences". Yeast. 16(2):177-187. <a target="_blank" href="http://dx.doi.org/10.1002/(SICI)1097-0061(20000130)16:23.0.CO;2-9">[doi:10.1002/(SICI)1097-0061(20000130)16:23.0.CO;2-9]10641039
2000Strainic, MG, Sullivan, JJ, Collado-Vides, J, deHaseth, PL. (2000). "Promoter interference in a bacteriophage lambda control region: Effects of a range of interpromoter distances". Journal Of Bacteriology. 182(1):216-220. [doi:10.1128/JB.182.1.216-220.2000]10613884
2000Salgado, H., Moreno, G., Smith, T.F., Collado, P.. (2000). "Operons in Escherichia coli: Genomic analyses and predictions". PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 97(12):6652-6657. [doi:10.1073/pnas.110147297]10823905
2000Perez-Rueda, Ernesto, Collado-Vides, Julio. (2000). "The repertoire of DNA-binding transcriptional regulators in Escherichia coli K-12". Nucleic Acids Research. 28(8):1838-1847. [doi:10.1093/nar/28.8.1838]10734204
1999Salgado, H, Santos, A, Garza-Ramos, U, van Helden, J, Diaz, E, Collado-Vides, J. (1999). "RegulonDB (version 2.0): A database on transcriptional regulation in Escherichia coli". Nucleic Acids Research. 27(1):59-60. [doi:10.1093/nar/27.1.59]9847141
1999Collado Vides, Pedro Julio, Hofestadt, R., Mavrovouniotis, M., Michal, G.. (1999). "Modeling and simulation of gene regulation and metabolic pathways". Biosystems. 49(1):79-82. [doi:10.1016/S0303-2647(98)00081-1]10091975
1998Thieffry, D, Salgado, H, Huerta, AM, Collado-Vides, J. (1998). "Prediction of transcriptional regulatory sites in the complete genome sequence of Escherichia coli K-12". Bioinformatics. 14(5):391-400. [doi:10.1093/bioinformatics/14.5.391]9682052
1998Collado-Vides, J, Gutierrez-Rios, RM, Bel-Enguix, G. (1998). "Networks of transcriptional regulation encoded in a grammatical model". Biosystems. 47(1-2):103-118. [doi:10.1016/S0303-2647(98)00016-1]9715754
1998Huerta, AM, Salgado, H, Thieffry, D, Collado-Vides, J. (1998). "RegulonDB: A database on transcriptional regulation in Escherichia coli". Nucleic Acids Research. 26(1):55-59. [doi:10.1093/nar/26.1.55]9399800
1998van Helden, J., Andre, B., Collado, P.. (1998). "Extracting regulatory sites from the upstream region of yeast genes by computational analysis of oligonucleotide frequencies". Journal Of Molecular Biology. 281(5):827-842. [doi:10.1006/jmbi.1998.1947]9719638
1998Pérez, E., Gralla, J.D., Collado, P.. (1998). "Genomic position analyses and the transcription machinery". Journal Of Molecular Biology. 275(2):165-170. [doi:10.1006/jmbi.1997.1465]9466899
1998Thieffry, D., Huerta, A., Pérez, E., Collado, P.. (1998). "From specific gene regulation to genomic networks: A global analysis of transcriptional regulation in Escherichia coli". Bioessays. 20(5):433-440. <a target="_blank" href="http://dx.doi.org/10.1002/(SICI)1521-1878(199805)20:53.0.CO;2-2">[doi:10.1002/(SICI)1521-1878(199805)20:53.0.CO;2-2]9670816
1997Thieffry Jacot-Descombes, Denis Louis, Rosenblueth, D.A., Huerta Moreno, Araceli, Salgado Osorio, Heladia, Collado Vides, Pedro Julio. (1997). "Definite-clause grammars for the analysis of CIS-regulatory regions in E. coli.". Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing. ():441-452. 9390313
1997Collado-Vides, J, Huerta, AM, Klose, K. (1997). "Three models of gene regulation in E. coli". LECTURE NOTES IN COMPUTER SCIENCE. 1278():72-78.
1997Blattner, FR, Plunkett, G, Bloch, CA, Perna, NT, Burland, V, Riley, M, ColladoVides, J, Glasner, JD, Rode, CK, Mayhew, GF, Gregor, J, Davis, NW, Kirkpatrick, HA, Goeden, MA, Rose, DJ, Mau, B, Shao, Y. (1997). "The complete genome sequence of Escherichia coli K-12". Science. 277(5331):1453-1462. [doi:10.1126/science.277.5331.1453]9278503
1996ColladoVides, J. (1996). "Towards a unified grammatical model of s70 and s54 bacterial promoters". Biochimie. 78(5):351-363. [doi:10.1016/0300-9084(96)84767-5]8905154
1996Hofestadt, R., Mavrovouniotis, M., Collado, P., Loffler, M.. (1996). "Modeling and simulation of metabolic pathways, gene regulation and cell differentiation. International Conference and Research Center for Computer Science, Schloss Dagstuhl, Saarland, Germany, 22-27 October, 1995". Bioessays. 18(4):333-335. [doi:10.1002/bies.950180412]8967902
1996Rosenblueth, DA, Thieffry, D, Huerta, AM, Salgado, H, ColladoVides, J. (1996). "Syntactic recognition of regulatory regions in Escherichia coli". COMPUTER APPLICATIONS IN THE BIOSCIENCES. 12(5):415-422. [doi:10.1093/bioinformatics/12.5.415]8996790
1993COLLADOVIDES, J. (1993). "A linguistic representation of the regulation of transcription initiation. II. Distinctive features of sigma 70 promoters and their regulatory binding sites". Biosystems. 29(2-3):105-128. [doi:10.1016/0303-2647(93)90087-S]8374063
1993Collado, P.. (1993). "The elements for a classification of units of genetic information with a combinatorial component". JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY. 163(4):527-548. [doi:10.1006/jtbi.1993.1136]8246512
1993COLLADOVIDES, J. (1993). "A linguistic representation of the regulation of transcription initiation. I. An ordered array of complex symbols with distinctive features". Biosystems. 29(2-3):87-104. [doi:10.1016/0303-2647(93)90086-R]8374070
1992COLLADOVIDES, J. (1992). "Grammatical model of the regulation of gene expression". PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 89(20):9405-9409. [doi:10.1073/pnas.89.20.9405]1409648
1991COLLADOVIDES, J, MAGASANIK, B, GRALLA, JD. (1991). "Control site location and transcriptional regulation in Escherichia coli". MICROBIOLOGICAL REVIEWS. 55(3):371-394. [doi:10.1128/MMBR.55.3.371-394.1991]1943993
1991COLLADOVIDES, J. (1991). "The search for a grammatical theory of gene regulation is formally justified by showing the inadequacy of context-free grammars". COMPUTER APPLICATIONS IN THE BIOSCIENCES. 7(3):321-326. [doi:10.1093/bioinformatics/7.3.321]1913213
1991COLLADOVIDES, J. (1991). "A syntactic representation of units of genetic information-A syntax of units of genetic information". JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY. 148(3):401-429. [doi:10.1016/S0022-5193(05)80245-0]2016901
1989COLLADOVIDES, J. (1989). "A transformational-grammar approach to the study of the regulation of gene expression". JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY. 136(4):403-425. [doi:10.1016/S0022-5193(89)80156-0]2811400