Tutoriales y cursos de bioinformática y filogenética impartidos por Pablo Vinuesa en el Centro de Ciencias Genómicas y Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM, México

Manual completo de inferencia filogenética molecular escrito por Pablo Vinuesa
 
En esta página publico el material docente sobre bioinformática básica e inferencia filogenética que he ido preparando para el curos de Genómica Evolutiva I (antes Biología Genómica y Evolución IV) que imparto enla Licenciatura de Ciencias Genómicas de la UNAM (LCG). Este material lo he adecuado para dar cursos intensivos más cortos en otras universidades mexicanas y latinoamericanas (+). Admiro el talento y generosidad de los científicos que han desarrollado los métodos de filogenética estadística, genética de poblaciones y evolución molecular que uso rutinariamente en mi trabajo, implementándolos en software que hacen disponibles de manera gratuita al resto de la comunidad. 

En México y en el resto de Latinoamérica existe una gran demanda de información detallada sobre métodos de genética evolutiva y bología computacional escrita en español, la enseñanza del uso de estos poderosos métodos, tratando de seguir el genial espíritu de los investigadores que las ponen a nuestra disposición, y en general, del movimiento open source y free software (+), y así contribuir a la creciente expansión de estas disciplinas centrales en la biología moderna.

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Quisiera finalizar esta breve presentación agradeciendo a los siguientes investigadores por su visión, inspiración y ayuda explítica recibida en distintas formas en los ámbitos de diversidad y genética evolutiva de procariontes, inferencia filogenética y biología computacional en los que se basan mis trabajos de investigación y actividad docente - David Posada, Julio Rozas, Marcos Pérez Losada, Paul O. Lewis, Mike Cummings, Dave Swofford, Joe Felsenstein, Fredrik Ronquist, Bruno Contreras, Julio Collado, Esperanza Martínez, David Romero, Lorenzo Segovia, Claudia Silva, Valeria Souza y Luis Eguiarte.

Apuntes del curso de Genómica Evolutiva, 3a. edición, 2008

Este curso tiene por objetivo proporcionarles una sólida base de conocimientos teóricos y prácticos sobre aspectos fundamentales de la inferencia filogenética y evolución molecular. El curso cubrirá un amplio abanico de aspectos esenciales del tópico, abarcando desde el escrutinio de bases de datos de secuencias mediante BLAST, determinación e interpretación de homología, el alineamiento de múltiples secuencias, la interconversión de formatos y el ajuste de modelos de sustitución a los datos, hasta la edición e interpretación de las topologías obtenidas mediante diversos métodos reconstrucción. Habrá también demostraciones sobre el uso de filogenias moleculares en distintos tipos de estudios de evolución y sistemática molecular, incluyendo a la filogenómica. El curso cubrirá de manera equilibrada los principios teóricos subyacentes a diversos métodos de inferencia filogenética (distancia, máxima parsimonia, máxima verosimilitud ...), así como el aprendizaje de programas clave (casi todos de "open source") para hacer estas inferencias, usando datos tomados de las bases de datos.

Concibo este curso como un taller, con sesiones teóricas, que incluirán lecciones y ponencias, alternadas con sesiones prácticas en las que les haré demostraciones de la familia de programas BLAST, ClustalW, ClustalX, T-Coffee, PHYLIP, PAUP* y MrBayes entre otros. Se explorarán páginas web que ofrecen algunos de estos servicios, así como el manejo de los mismos desde instalaciones locales a través de la línea de comandos o interfaz gráfica (según el caso). Mostraré también el uso de algunos scripts de Perl muy sencillos con el objetivo de aprender los aspectos más básicos del  manejo de estos programas en un contexto de programación de tuberías de análsis que permiten abordar el análisis de múltiples sets de datos de manera eficiente y automatizada (más detalles en /Descripción del Curso).
Evaluaré su rendimiento en el curso mediante dos exámenes parciales escritos y en el mes de Junio tendremos un simposio de estudiantes de BGE-IV sobre biología filogenética en el que presentarán los proyectos de investigación que ustedes realizarán por grupos y el cual calificaré como un examen final (más detalles en /Descripción del Curso).

Al final del curso tendrán una amplia visión sobre el espectro de posibilidades que brindan la filogenética y la evolución molecular en distintos tipos de estudios biológicos y genómicos, que estoy convencido serán herramientas conceptuales y metodológicas de gran utilidad en su carrera, como lo son en la mía.
Además de instructivo, útil y ameno, espero que el curso les ayude a integrar de manera práctica lo aprendido o mencionado en otras asignaturas de manera teórica. Que lo disfruten!

Learning Perl for bioinformatics? - Here you have a few very simple scripts I use to teach basic perl to my students at the Bachelor's in Genomic Sciences - UNAM.

run_clustalw_batch.pl align multiple DNA or PROTEIN source files using clustalw (also profile alignments) and write the output in the desired format.
convert_aln_format_batch_bp.pl runs proml to select the best substitution matrix and alpha (CV) value of the gamma distribution to accomodate among-site rate variation.
run_proml_batch.pl   If requested, also runs a tree search under the best fitting model with or without clock constraint, and calculates the LRT statistic for the competing relaxed and clock-like phylogenies.
                                                        

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This page was last updated on Jan. 2cnd, 2009.
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