Santiago Castillo Ramírez

Genómica Evolutiva Investigador
Unidad de Análisis Bioinformáticos Investigador

Inv. Tit. A T.C. Interino

Semblanza

Santiago Castillo cursó la licenciatura en Biología (graduado con mención honorífica) en la Universidad de Guadalajara. Posteriormente estudió la maestría (mayo 2005) y el doctorado (noviembre 2009) en Ciencias Bioquímicas en la UNAM. En su doctorado Santiago trabajó filogenómica de bacterias y realizó un par de estancias de investigación en el laboratorio del Profesor Scott V. Edwards en la Universidad de Harvard, donde condujo simulaciones para analizar estrategias de muestro en la inferencia de filogenias de especies. En 2009, fue merecedor de la Medalla Alfonso Caso por ser el graduado más distinguido del Programa de Doctorado en Ciencias Bioquímicas. Después Santiago llevo a cabo dos estancias posdoctorales con el Profesor Edward J Feil, en la Universidad de Bath, en Inglaterra; durante ese tiempo, el Dr. Castillo utilizó datos genómicos obtenidos con plataformas de secuenciación de segunda generación para estudiar la micro evolución y filogeografía de diversos patógenos bacterianos. Actualmente, Santiago es Investigador Titular A del Centro de Ciencias Genómicas (CCG) de la UNAM y forma parte del Sistema Nacional de Investigadores con nivel 2.

Santiago ha sido pionero en la genómica poblacional y evolutiva de patógenos bacterianos en el país. En particular, el estudia la distribución de poblaciones bacterianas a lo largo del tiempo y el espacio, y cómo se genera la variación genética en los patógenos nosocomiales Acinetobacter Baumannii y Staphylococcus Aureus. Sus proyectos están financiados por CONACyT-SEP Ciencia Básica y por UNAM-PAPIIT. A la fecha ha publicado más de 28 de artículos en diversas revistas indizadas -algunos en las revistas más prestigiosas del área de la genómica como Genome Biology y Genome Research- y varios capítulos de libro. Por otro lado, el es editor asociado de la revista Bioscience Horizons (área de genómica) y Review Editor de la revista Frontiers in Microbiology, sección Evolutionary and Genomic Microbiology. Además, ha sido invitado numerosas veces como revisor por reconocidas revistas en las áreas de genómica (Genome Biology and Evolution), microbiología (Applied Environmental Microbiology), evolución (Molecular Biology and Evolution, Molecular Ecology, Infection, Genetics and Evolution) y enfermedades infecciosas (Lancet Infectious Diseases). Adicionalmente, el ha evaluado proyectos en las convocatorias de Ciencia Básica del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, y Programa de Apoyo a Proyectos de Investigación e Innovación Tecnológica (en México), y del NSERC Discovery grants (Canadá).

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Publicaciones selectas

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3.- Castillo-Ramírez S, Fingerle V, Jungnick S, Straubinger RK, Krebs S, Blum H,Meinel DM, Hofmann H, Guertler P, Sing A, Margos G. Trans-Atlantic exchanges have shaped the population structure of the Lyme disease agent Borrelia burgdorferi sensu stricto. Sci Rep. 2016 Mar 9;6:22794.
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5.- Castillo-Ramírez S, Corander J, Marttinen P, Aldeljawi M, Hanage WP, Westh H, Boye K, Gulay Z, Bentley SD, Parkhill J, Holden MT, Feil EJ. Phylogeographic variation in recombination rates within a global clone of Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus. Genome Biology. 2012 Dec 27;13(12):R126.
6.- Castillo-Ramírez S, Harris SR, Holden MTG, He M, Parkhill J, Feil EJ. The Impact of Recombination on dN/dS within Recently Emerged Bacterial Clones. Plos Pathogens. 2011, 7(7): e1002129.

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Correo: iago@ccg.unam.mx

Publicaciones

AñoPublicaciónPMID
2018Graña-Miraglia, L., Arreguín-Pérez, C., López-Leal, G., Muñoz, A., Pérez-Oseguera, A., Miranda-Miranda, E., Cossío-Bayúgar, R. and Castillo-Ramirez, S. (2018). "Phylogenomics picks out the par excellence markers for species phylogeny in the genus Staphylococcus .". Peerj. 6(10):e5839-. [doi:10.7717/peerj.5839]30386709
2018Challagundla, Lavanya, Reyes, Jinnethe, Rafiqullah, Iftekhar, Sordelli, Daniel O., Echaniz-Aviles, Gabriela, Velazquez-Meza, Maria E., Castillo-Ramirez, S, Fittipaldi, Nahuel, Feldgarden, Michael, Chapman, Sinead B., Calderwood, Michael S., Carvajal, Lina P., Rincon, Sandra, Hanson, Blake, Planet, Paul J., Arias, Cesar A., Diaz, Lorena and Robinson, D. Ashley. (2018). "Phylogenomic Classification and the Evolution of Clonal Complex 5 Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus in the Western Hemisphere". Frontiers in Microbiology. 9():-. [doi:10.3389/fmicb.2018.01901]30186248
2018Frisch MB, Castillo-Ramirez, S, Petit RA 3rd, Farley MM, Ray SM, Albrecht VS, Limbago BM, Hernandez J, See I, Satola SW and Read TD. (2018). "Invasive Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus USA500 Strains from the U.S. Emerging Infections Program Constitute Three Geographically Distinct Lineages.". mSphere. 3(3):-. [doi:10.1128/mSphere.00571-17]29720528
2017Graña-Miraglia L, Lozano LF, Velázquez C, Volkow-Fernández P, Pérez-Oseguera Á, Cevallos MA and Castillo-Ramirez, S. (2017). "Rapid gene turnover as a significant source of genetic variation in a recently seeded population of a healthcare-associated pathogen". Frontiers in Microbiology. 8(SEP):1817-1817. [doi:10.3389/fmicb.2017.01817]28979253
2017Pérez-Oseguera Á, Castro-Jaimes S, Salgado-Camargo AD, Silva-Sanchez J, Garza-González E, Castillo-Ramirez, S and Cevallos MÁ. (2017). "Complete genome sequence of a blaOXA-58-producing Acinetobacter Baumannii strain isolated from a Mexican hospital". Genome Announcements. 5(36):e00949-17-. [doi:10.1128/genomeA.00949-17]28883144
2017Vences-Guzman, M.A, Goetting-Minesky, M. Paula, Guan, Ziqiang, Castillo-Ramirez, S, America Cordoba-Castro, Luz, Lopez-Lara, I.M.,, Geiger, O., Sohlenkamp, C and Fenno, J. Christopher. (2017). "1,2-Diacylglycerol choline phosphotransferase catalyzes the final step in the unique Treponema denticola phosphatidylcholine biosynthesis pathway". Molecular Microbiology. 103(5):896-912. [doi:10.1111/mmi.13596]28009086
2016Joseph, Sandeep J., Cox, Daniel, Wolff, Bernard, Morrison, Shatavia S., Kozak-Muiznieks, Natalia A., Frace, Michael, Didelot, Xavier, Castillo-Ramirez, S, Winchell, Jonas, Read, Timothy D. and Dean, Deborah. (2016). "Dynamics of genome change among Legionella species". SCIENTIFIC REPORTS. 6():33442-33442. [doi:10.1038/srep33442]27633769
2016Becker, Noemie S., Margos, Gabriele, Blum, Helmut, Krebs, Stefan, Graf, Alexander, Lane, Robert S., Castillo-Ramirez, S, Sing, Andreas and Fingerle, Volker. (2016). "Recurrent evolution of host and vector association in bacteria of the Borrelia burgdorferi sensu lato species complex". Bmc Genomics. 17(1):734-734. [doi:10.1186/s12864-016-3016-4]27632983
2016Aanensen, David M., Feil, Edward J., Holden, Matthew T. G., Dordel, Janina, Yeats, Corin A., Fedosejev, Artemij, Goater, Richard, Castillo-Ramirez, S, Corander, Jukka, Colijn, Caroline, Chlebowicz, Monika A., Schouls, Leo, Heck, Max, Pluister, Gerlinde, Ruimy, Raymond, Kahlmeter, Gunnar, Ahman, Jenny, Matuschek, Erika, Friedrich, Alexander W., Parkhill, Julian, Bentley, Stephen D., Spratt, Brian G., Grundmann, Hajo, ESCMID Study Grp Mol Epidemiologic and European Staphylococcal Ref Lab Wo. (2016). "Whole-Genome Sequencing for Routine Pathogen Surveillance in Public Health: a Population Snapshot of Invasive Staphylococcus Aureus in Europe". Mbio. 7(3):e00444-16-. [doi:10.1128/mBio.00444-16]27150362
2016Bolanos, Luis M., Rosenblueth, Monica, Castillo-Ramirez, S, Figuier-Huttin, Gilles and Martinez-Romero, Esperanza. (2016). "Species-specific diversity of novel bacterial lineages and differential abundance of predicted pathways for toxic compound degradation in scorpion gut microbiota". Environmental Microbiology. 18(5):1364-1378. [doi:10.1111/1462-2920.12939]26058415
2016Castillo-Ramirez, S, Fingerle, V., Jungnick, S., Straubinger, R. K., Krebs, S., Blum, H., Meinel, D. M., Hofmann, H., Guertler, P., Sing, A. and Margos, G.. (2016). "Trans-Atlantic exchanges have shaped the population structure of the Lyme disease agent Borrelia burgdorferi sensu stricto". SCIENTIFIC REPORTS. 6():22794-22794. [doi:10.1038/srep22794]26955886
2016López-Leal G, Cevallos MA and Castillo-Ramirez, S. (2016). "Evolution of a sigma factor: An All-In-One of Gene Duplication, Horizontal Gene Transfer, Purifying Selection, and Promoter Differentiation". Frontiers in Microbiology. 7(APR):581-581. [doi:10.3389/fmicb.2016.00581]27199915
2016Graña-Miraglia L., Lozano L., Castro-Jaimes S., Cevallos M.A., Volkow P. and Castillo-Ramirez, S. (2016). "First genome sequence of a mexican multidrug-resistant Acinetobacter Baumannii isolate". Genome Announcements. 4(2):e00156-16-. [doi:10.1128/genomeA.00156-16]
2016Castro-Jaimes S., Salgado-Camargo A.D., Gra�a-Miraglia L., Lozano L., Bocanegra-Ibarias P., Volkow-Fern�ndez P., Silva-Sanchez J., Castillo-Ramirez, S and Cevallos M.A.. (2016). "Complete genome sequence of a multidrug-resistant Acinetobacter Baumannii isolate obtained from a Mexican hospital (sequence type 422)". Genome Announcements. 4(3):e00583-16-. [doi:10.1128/genomeA.00583-16]
2015Joseph, S.J., Marti, H., Didelot, X., Castillo-Ramirez, S, Read, T.D. and Dean, D.. (2015). "Chlamydiaceae Genomics Reveals Interspecies Admixture and the Recent Evolution of Chlamydia Abortus Infecting Lower Mammalian Species and Humans". Genome Biology And Evolution. 7(11):3070-3084. [doi:10.1093/gbe/evv201]26507799
2015Ezewudo, Matthew N., Joseph, Sandeep J., Castillo-Ramirez, S, Dean, Deborah, del Rio, Carlos, Didelot, Xavier, Dillon, Jo-Anne, Selden, Richard F., Shafer, William M., Turingan, Rosemary S., Unemo, Magnus and Read, Timothy D.. (2015). "Population structure of Neisseria Gonorrhoeae based on whole genome data and its relationship with antibiotic resistance". Peerj. 3(3):e806-. [doi:10.7717/peerj.806]25780762
2014Lopez-Leal, Gamaliel, Luisa Tabche, Maria, Castillo-Ramirez, S, Mendoza-Vargas, Alfredo, Ramirez-Romero, Miguel A. and Davila, Guillermo. (2014). "RNA-Seq analysis of the multipartite genome of Rhizobium etli CE3 shows different replicon contributions under heat and saline shock". Bmc Genomics. 15(1):770-770. [doi:10.1186/1471-2164-15-770]25201548
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2013Castillo-Ramirez, S and Feil, E.J.. (2013). "Population genetics". The Prokaryotes: Prokaryotic Biology And Symbiotic Associations. ():255-266. [doi:10.1007/978-3-642-30194-0_83]
2011Guerra-Crespo, M., Perez-Monter, C., Janga, S.C., Castillo-Ramirez, S, Gutierrez-Ríos, R.M., Joseph-Bravo, P., Perez-Martinez, L. and Charli, J.L.. (2011). "Transcriptional profiling of fetal hypothalamic TRH neurons". Bmc Genomics. 12():222-222. [doi:10.1186/1471-2164-12-222]21569245
2010Castillo-Ramirez, S, L. Liu, D. Pearl and S. V. Edwards. (2010). "Bayesian estimation of species trees: a practical guide to optimal sampling and analysis.". Estimating Species Trees: Practical and Theoretical Aspects. ():15-33.
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2009Martinez-Salazar, Jaime M., Sandoval-Calderon, Mario, Guo, Xianwu, Castillo-Ramirez, S, Reyes, Alma, Loza, Maria G., Rivera, Javier, Alvarado-Affantranger, Xochitl, Sanchez, Federico, Gonzalez, Victor, Davila, Guillermo and Ramirez-Romero, Miguel A.. (2009). "The Rhizobium etli RpoH1 and RpoH2 sigma factors are involved in different stress responses". MICROBIOLOGY-SGM. 155(2):386-397. [doi:10.1099/mic.0.021428-0]19202087
2008Castillo-Ramirez, S and Gonzalez, Victor. (2008). "Factors affecting the concordance between orthologous gene trees and species tree in bacteria". Bmc Evolutionary Biology. 8(1):300-300. [doi:10.1186/1471-2148-8-300]18973688
2008Crossman, Lisa C., Castillo-Ramirez, S, McAnnula, Craig, Lozano, Luis, Vernikos, Georgios S., Acosta, Jose L., Ghazoui, Zara F., Hernandez-Gonzalez, Ismael, Meakin, Georgina, Walker, Alan W., Hynes, Michael F., Young, J. Peter W., Downie, J. Allan, Romero, David, Johnston, Andrew W. B., Davila, Guillermo, Parkhill, Julian and Gonzalez, Victor. (2008). "A common genomic framework for a diverse assembly of plasmids in the symbiotic nitrogen fixing bacteria". Plos One. 3(7):e2567-. [doi:10.1371/journal.pone.0002567]18596979
2008González Zúñiga, Víctor Manuel, Luis Lozano, Castillo-Ramirez, S, Hernández González, Ismael Luis, Bustos Arcos, Virginia Patricia, Santamaria Gutiérrez, Rosa Isela, Fernandez Vázquez, José Luis, CCG and Dávila Ramos, José Guillermo. (2008). "Evolutionary Genomics of the Nitrogen Fixing Symbiotic Bacteria". Molecular Mechanisms of Plant-Microbe Coexistance Soil Biology Series. 15(0):183-198.
2007Guo, Xianwu, Castillo-Ramirez, S, Gonzalez, Victor, Bustos, Patricia, Fernandez-Vazquez, Jose Luis, Santamaria, Rosa Isela, Arellano, Jesus, Cevallos, Miguel A. and Davila, Guillermo. (2007). "Rapid evolutionary change of common bean (Phaseolus vulgaris L) plastome, and the genomic diversification of legume chloroplasts". Bmc Genomics. 8():228-228. [doi:10.1186/1471-2164-8-228]17623083
2006González, V., Santamaría, R.I., Bustos, P., Acosta, J.L., Fernández, J.L., Hernández-González, I., Lozano, L., Castillo-Ramirez, S and Dávila, G.. (2006). "Genomic diversity of Rhizobium etli: The Complete Genome and its -intraspecific-variation". Revista Latinoamericana De Microbiologia. 48(2):132-134.