Rafael Peña Miller

Biología de Sistemas y Biología Sintética Investigador

Inv. Tit. A T.C. Interino

Semblanza

Rafael Peña Miller nació en la Ciudad de México donde obtuvo el grado de Matemático por la Facultad de Ciencias de la UNAM. Realizó sus estudios doctorales en el Departamento de Matemáticas del Imperial College London financiado por una beca del CONACYT. Una de las publicaciones que emanaron de su investigación doctoral fue elegida como ganadora del Lee Segel Prize, un premio bianual que otorga la Society for Mathematical Biology al mejor artículo publicado en el área de biología matemática. Posteriormente realizó estancias posdoctorales en la Universidad de Exeter y la Universidad de Oxford, en donde participó en diversos proyectos en la interfaz entre modelación matemática y microbiología experimental. Ha sido invitado a realizar estancias de investigación en Suiza, España y Alemania. En 2015 fue distinguido con un Newton Advanced Fellowship que otorga el Royal Society del Reino Unido.

Actualmente es Investigador en el Laboratorio de Biología Sintética y de Sistemas del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM, y su investigación se enfoca en estudiar los mecanismos genéticos y metabólicos que permiten a las comunidades bacterianas implementar estrategias colectivas para sobrevivir, y prosperar, en entornos hostiles e impredecibles.

En específico, los proyectos desarrollados en su laboratorio se enfocan en responder las siguientes preguntas generales: ¿cuál es el efecto de la estructura espacio-temporal del medio ambiente en la dinámica evolutiva de resistencia a antibióticos?, ¿cuál es la interacción entre elementos genéticos móviles, sus huéspedes bacterianos y el medio ambiente?, ¿cuáles son los mecanismos de regulación genética que producen heterogeneidad fenotípica en una población de células genéticamente idénticas?, ¿cuál es el beneficio funcional de presentar plasticidad fenotípica?, ¿cómo se ensamblan las comunidades microbianas multiespecie?, ¿podemos diseñar y controlar consorcios microbianos sintéticos estables y robustos?

Ligas

http://www.penamiller.com/
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Publicaciones selectas

Multicopy plasmids allow bacteria to escape from fitness trade-offs during evolutionary innovation
J Rodriguez-Beltran, JCR Hernandez-Beltran, J DelaFuente, JAEscudero, A Fuentes-Hernandez, RC MacLean, R Peña-Miller and Alvaro San Millan
Nature Ecology and Evolution, Vol 2, 873–881 (2018).

Antibiotic cycling and antibiotic mixing: which one best mitigates antibiotic resistance?
R. Beardmore, R. Peña-Miller, F. Gori and J. Iridell.
Molecular Biology and Evolution, msw292 (2017).

Using a sequential regimen to eliminate bacteria at sub-lethal antibiotic dosages
A. Fuentes-Hernandez, J. Plucain, F. Gori, R. Peña-Miller, C. Reding, G. Jansen, H. Schulenburg, I. Gudelj and R. Beardmore
PLoS Biology, Vol. 12, No. 8 (2015).

Positive selection and compensatory adaptation interact to stabilize non-transmissible plasmids
A. San Millan, R. Peña-Miller, M. Toll-Riera, Z. Halbert, A. McLean, B. Cooper and C. MacLean
Nature Communications, Vol. 5, No. 5208 (2014).

Bistable expression of virulence genes in Salmonella leads to the formation of an antibiotic-tolerant subpopulation
M. Arnoldini, I. Avalos Vizcarra, R. Peña-Miller, N. Stocker, M. Diard, V. Vogel, R. Beardmore, W.-D. Hardt and M. Ackermann
PLoS Biology, Vol 12, No. 8 (2014).

When the most potent combination of antibiotics selects for the greatest bacterial load: the smile frown transition.
R. Peña-Miller, Lähnemann, Jansen, Fuentes-Hernandez, Rosenthiel, Schulenburg and Beardmore.
PLoS Biology, Vol. 11, No.4 (2013).

Selecting against antibiotic-resistant pathogens: optimal treatments in the presence of commensal bacteria *
R. Peña-Miller, D. Lähnemann, H. Schulenburg, M. Ackermann and R. Beardmore
Bulletin of Mathematical Biology, Vol 74, No. 4 pp. 908-943 (2011). (*Winner of the Lee Segel Prize)

Teléfono: (777) 3291686
Correo: rpm@ccg.unam.mx

Publicaciones

AñoPublicaciónPMID
2018Rodriguez-Beltran, J., Hernandez-Beltran, J.C.R., Delafuente, J., Escudero, J.A., Fuentes-Hernandez, A., MacLean, R.C., Peña-Miller, R. and San Millan, A.. (2018). "Multicopy plasmids allow bacteria to escape from fitness trade-offs during evolutionary innovation". Nature Ecology & Evolution. 2(5):873-881. [doi:10.1038/s41559-018-0529-z]29632354
2017Beardmore, Robert Eric, Pena-Miller, Rafael, Gori, Fabio and Iredell, Jonathan. (2017). "Antibiotic cycling and antibiotic mixing: Which one best mitigates antibiotic resistance?". MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION. 34(4):802-817. [doi:10.1093/molbev/msw292]28096304
2015Fuentes-Hernandez, Ayari, Plucain, Jessica, Gori, Fabio, Pena-Miller, Rafael, Reding, Carlos, Jansen, Gunther, Schulenburg, Hinrich, Gudelj, Ivana and Beardmore, Robert. (2015). "Using a Sequential Regimen to Eliminate Bacteria at Sublethal Antibiotic Dosages". Plos Biology. 13(4):e1002104-. [doi:10.1371/journal.pbio.1002104]25853342
2014San Millan, A., Pena-Miller, R., Toll-Riera, M., Halbert, Z. V., McLean, A. R., Cooper, B. S. and MacLean, R. C.. (2014). "Positive selection and compensatory adaptation interact to stabilize non-transmissible plasmids". Nature Communications. 5():5208-5208. [doi:10.1038/ncomms6208]25302567
2014Arnoldini, Markus, Vizcarra, Ima Avalos, Pena-Miller, Rafael, Stocker, Nicolas, Diard, Mederic, Vogel, Viola, Beardmore, Robert E., Hardt, Wolf-Dietrich and Ackermann, Martin. (2014). "Bistable expression of virulence genes in Salmonella leads to the formation of an antibiotic-tolerant subpopulation". Plos Biology. 12(8):e1001928-. [doi:10.1371/journal.pbio.1001928]25136970
2014Peña-Miller, R., Fuentes-Hernandez, A., Reding, C., Gudelj, I. and Beardmore, R.. (2014). "Testing the optimality properties of a dual antibiotic treatment in a two-locus, two-allele model". JOURNAL OF THE ROYAL SOCIETY INTERFACE. 11(96):20131035-20131035. [doi:10.1098/rsif.2013.1035]24812050