Pedro Julio Collado Vides

Genómica Computacional Investigador

Inv. Tit. C T.C. Definitivo

Semblanza

El Dr. Julio Collado realizó todos sus estudios en la UNAM, donde ha hecho su carrera desde que regresó en 1992 de una estancia posdoctoral de tres años en MIT. El Dr. Collado es referencia nacional y latinoamericana, reconocido a nivel mundial en la bioinformática, disciplina renacentista de creciente relevancia en las ciencias genómicas. Los rasgos fundamentales de su carrera científica son los siguientes:
Obra original altamente citada. La obra del Dr. Collado se caracteriza por su gran originalidad desde el inicio de su carrera, con contribuciones pioneras en la bioinformática de la genómica microbiana. El modelo gramatical de la regulación producto de su doctorado, se fundamenta en el posdoctorado con la demostración matemática, sentando la base teórica para algoritmos genómicos novedosos que desarrolla a su regreso en México. Hace la primer recopilación integrativa de promotores microbianos en un trabajo ya clásico altamente citado, el cual constituye la semilla de las bases de datos RegulonDB y EcoCyc, ambas referencia internacional en el tema. Nace así la bioinformática de la regulación genómica microbiana, con predicciones y análisis del genoma completo de Escherichia coli, con la publicación en Science en 1997 del genoma de dicha bacteria. Dicho artículo es el más citado en la primer década posterior a su publicación. No es de sorprender que la obra del Dr. Collado, con más de 115 publicaciones internacionales, tenga a la fecha 12,406 citas (11,448 sin autocitas), con un índice H de 41. Por ejemplo, un artículo en la revista Nature en el 2008 cita siete distintos trabajos del Dr. Collado.

Pionero e impulsor de la bioinformática y la genómica en México.
Se incorpora a la UNAM en 1992 siendo el primer investigador dedicado a la bioinformática en nuestro país. En el 2000 logra el reconocimiento de su laboratorio como el Nodo Nacional de Bioinformática dentro de la agrupación internacional EMBNET. En colaboración con colegas experimentalistas, se conforma un equipo de trabajo que publica el primer genoma completo secuenciado en nuestro país, el de la bacteria Rhizobium etli fijadora de nitrógeno. Este trabajo, marca el inicio de la participación de México en la Genómica, provocando la creación de la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG) en 2003 y la gestación del Centro de Ciencias Genómicas (CCG) en 2005. El Dr. Collado y personal ligado a su laboratorio han diseñado e impartido los cursos de bioinformática y computación de la LCG desde su inicio. La LCG es un pilar fundamental para el futuro de la bioinformática y las ciencias genómicas en nuestro país, con egresados ya reconocidos en las mejores instituciones del mundo en el área. Crea la Sociedad Mexicana de Ciencias Genómicas (2001-2004), y es designado Director del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM (2005-2009), tomando la responsabilidad del período inicial de una de las instituciones pioneras de la genómica y la bioinformática en nuestro país. Ha dirigido a 11 alumnos de posgrado (9 de doctorado, 3 de maestría) y 6 de licenciatura. Más allá de nuestras fronteras, egresados de su laboratorio son actualmente investigadores en Estados Unidos, Canadá, Francia, Bélgica, España, Cuba y México. Las contribuciones académicas del Dr. Julio Collado se han realizado predominantemente en México. En años reciente ha incursionado en actividades de innovación en genómica personalizada y en la relación hombre-conocimiento.

Reconocimiento de prestigio nacional e internacional.
La elevada calidad de su trabajo le ha granjeado reconocimientos de gran prestigio nacional e internacional a temprana edad, como son el Premio Universidad Nacional por Investigación en Ciencias Naturales a sus 48 años, (2005), el Robert F. Kennedy Visiting Professorship de la Universidad de Harvard (2007) otorgado a muy pocos científicos latinoamericanos, el Premio Nacional en Ciencias y Artes (2011) en el área de Ciencias Físico-matemáticas y Naturales, reconocido como “ISCB Distinguished Fellow Class 2015″ (único latinoamericano) de la International Society for Computational Biology” (http://www.iscb.org/iscb-fellows) y más recientemente reconocido entre los científicos más citados en el mundo durante el 2015 por Thomson Reuters. Ver: http://stateofinnovation.thomsonreuters.com/worlds-most-influential-scientific-minds-report-2015. Obtuvo el Premio Scopus de Elsevier en el 2007. Ha sido investigador principal de donativos del NIH del 2000 a la fecha y es miembro permanente del “Genomics, Computational Biology and Technology” Study Section del NIH. Fue miembro del Board of Directors de la International Society for Computational Biology y Presidente fundador de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática. Fue invitado en la sección inaugural de Computational Biology del Journal of Bacteriology, junto con otros líderes de bioinformática a nivel mundial. Es miembro del Sistema Nacional de Investigadores desde 1992 y designado nivel 3 desde 2001 (a sus 44 años). Fue becario de la Fundación John Simon Guggenheim (1992), entre otros reconocimientos.
El Dr. Collado es el científico mexicano de mayor prestigio nacional e internacional en su área, con una obra incisivamente original, altamente citada, pionera y ahora clásica; pilar del surgimiento de la bioinformática y las ciencias genómicas en nuestro país.
En años recientes ha incursionado asimismo en proyectos de innovación en genómica personalizada y de representación del conocimiento.

Ligas

Scopus

Teléfono: (777) 3139877
Correo: collado@ccg.unam.mx

Publicaciones

AñoPublicaciónPMID
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2017Balderas-Martínez YI, Rinaldi F, Contreras G, Solano-Lira H, Sánchez-Pérez M, Collado-Vides J, Selman M, Pardo A (2017) Improving biocuration of microRNAs in diseases: a case study in idiopathic pulmonary fibrosis DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION 2017():bax030- [doi:10.1093/database/bax030]28605770
2017Pannier L, Merino E, Marchal K, Collado-Vides J (2017) Effect of genomic distance on coexpression of coregulated genes in E. coli Plos One 12(4):e0174887- [doi:10.1371/journal.pone.0174887]28419102
2017Rinaldi F, Lithgow O, Gama-Castro S, Solano H, Lopez A, Muñiz Rascado LJ, Ishida-Gutiérrez C, Méndez-Cruz CF, Collado-Vides J (2017) Strategies towards digital and semi-automated curation in RegulonDB DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION 2017(1):bax012- [doi:10.1093/database/bax012]28365731
2017Keseler IM, Mackie A, Santos-Zavaleta A, Billington R, Bonavides-Martínez C, Caspi R, Fulcher C, Gama-Castro S, Kothari A, Krummenacker M, Latendresse M, Muñiz-Rascado L, Ong Q, Paley S, Peralta-Gil M, Subhraveti P, Velázquez-Ramírez DA, Weaver D, Collado-Vides J, Paulsen I, Karp PD (2017) The EcoCyc database: reflecting new knowledge about Escherichia coli K-12 Nucleic Acids Research 45(D1):543-550 [doi:10.1093/nar/gkw1003]27899573
2017Méndez-Cruz CF, Gama-Castro S, Mejía-Almonte C, Castillo-Villalba MP, Muñiz-Rascado LJ, Collado-Vides J (2017) First steps in automatic summarization of transcription factor properties for RegulonDB: classification of sentences about structural domains and regulated processes. DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION 2017():- [doi:10.1093/database/bax070]29220462
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2016Moretto, M., Sonego, P., Dierckxsens, N., Brilli, M., Bianco, L., Ledezma-Tejeida, D., Gama-Castro, S., Galardini, M., Romualdi, C., Laukens, K., Collado-Vides, J., Meysman, P., Engelen, K. (2016) COLOMBOS v3.0: Leveraging gene expression compendia for cross-species analyses Nucleic Acids Research 44(D1):620-623 [doi:10.1093/nar/gkv1251]26586805
2016Gama-Castro, S., Salgado, H., Santos-Zavaleta, A., Ledezma-Tejeida, D., Muñiz-Rascado, L., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Martínez-Flores, I., Pannier, L., Castro-Mondragón, J.A., Medina-Rivera, A., Solano-Lira, H., Bonavides-Martínez, C., Pérez-Rueda, E., Alquicira-Hernández, S., Porrón-Sotelo, L., López-Fuentes, A., Hernández-Koutoucheva, A., Del Moral-Chavez, V., Rinaldi, F., Collado-Vides, J. (2016) RegulonDB version 9.0: High-level integration of gene regulation, coexpression, motif clustering and beyond Nucleic Acids Research 44(D1):133-143 [doi:10.1093/nar/gkv1156]26527724
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2013Salgado Osorio, Heladia, Peralta Gil, Martín, Gama Castro, MA. DEL SOCORRO, Santos Zavaleta, Alberto, Muñíz Rascado, Luis José, Garcia Sotelo, Jair Santiago, Weiss, V., Solano Lira, Hilda, Martínez Flores, Irma, Medina Rivera, Alejandra Eugenia, Salgado Osorio, Gerardo, Alquicira Hernández, Shirley, Alquicira Hernández, Kevin, López Fuentes, Alejandra Cristina, Porrón Sotelo, Liliana, Huerta Moreno, Araceli, Bonavides Martínez, César Augusto, Balderas MartÍnez, Yalbi Itzel, Pannier, Lucia, Olvera, M., Labastida, A., Jiménez-Jacinto, V., Vega-Alvarado, L., del Moral Chávez, Victor Manuel, Hernández Álvarez, Alfredo José, Morett, E., Collado Vides, Pedro Julio (2013) RegulonDB v8.0: omics data sets, evolutionary conservation, regulatory phrases, cross-validated gold standards and more Nucleic Acids Research 41(D1):203-213 [doi:10.1093/nar/gks1201]23203884
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