TALLER DE CIENCIAS GENÓMICAS: DE MOLÉCULAS A ECOSISTEMAS

Varios de los investigadores del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM (campus Cuernavaca) impartiremos un Taller en la Facultad de Ciencias de la UNAM con la finalidad de que los estudiantes de la carrera de Biología aprendan sobre las Ciencias Genómicas y puedan realizar su tesis de licenciatura en alguno de los proyectos que tenemos en curso. El Taller está diseñado para que los alumnos conozcan las diferentes escalas de complejidad de la Genómica.

Los invitamos a consultar la información práctica y académica del Taller descrita en esta página.

INFORMACIÓN PRÁCTICA:

 NO hay requisitos mínimos para ingresar a los niveles 1 y 2 (1er año). Estos módulos se impartirán dos veces por semana en la Facultad de Ciencias de la UNAM (Ciudad Universitaria). Podrían llevarse a cabo los martes y viernes de 11 a 14hrs.

Para los niveles 3 y 4, que serán en el CCG en Cuernavaca, los estudiantes tienen que ser regulares y haber cursado todas las materias obligatorias. Se darán materias optativas en Cuernavaca.

Los estudiantes deberán tener un promedio mínimo de 8 y haber cumplido con al menos el 75% de los créditos de la carrera para obtener una beca de apoyo para hacer la tesis de licenciatura durante su año en Cuernavaca (niveles 3 y 4).

CUPO: 5-18 estudiantes.
INTERESADOS MANDAR UN CORREO A:
Dr. Pablo Vinuesa Fleischmann
vinuesa@ccg.unam.mx

Favor de indicar los días y horarios que más les convengan para las clases en la Facultad de Ciencias (niveles 1 y 2).

Las presentación del Taller que se dio en la Facultad de Ciencias la pueden encontrar aquí.

 

INFORMACIÓN ACADÉMICA

 

RESPONSABLE DE PROYECTO

1.- Pablo Vinuesa Fleischmann
Investigador Titular B
Centro de Ciencias Genómicas
Teléfono: 777 3175867
vinuesa@ccg.unam.mx

PROFESORES ASOCIADOS:

2.- Dr. Christian Sohlenkamp
Investigador Titular B
Centro de Ciencias Genómicas
Teléfono: 56227695
chsohlen@ccg.unam.mx

3.- Dr. David Salvador Zamorano Sánchez
Investigador Asociado C
Centro de Ciencias Genómicas, UNAM
Programa de Biología de Sistemas y Biología Sintética
Teléfono: 56227777 ext 38487
zamorano@ccg.unam.mx

4.- Dra. Eria Alaide Rebollar Caudillo
Investigadora Asociada C
Centro de Ciencias Genómicas, UNAM
Télefono: 56227777 ext 38489
rebollar@ccg.unam.mx

5.- Dr. Mario Alberto Serrano Ortega
Investigador Titular A
Centro de Ciencias Genómicas, UNAM
Teléfono: 777 329 1689
serrano@ccg.unam.mx

6.- Dr. Rafael Peña Miller
Investigador Titular A
Centro de Ciencias Genómicas
Teléfono: 56227777 ext 38488
rpm@ccg.unam.mx

7.-Dra. Ayari Fuentes Hernández
Investigadora Asociada C
Centro de Ciencias Genómicas
Programa de Biología de Sistemas y Biología Sintética
ayarifh@ccg.unam.mx

8.- Dr. David Romero
Investigador Titular B
Centro de Ciencias Genómicas
Teléfono: 777 3175867
dromero@ccg.unam.mx

9.- Dr. Diego Cortez Quezada
Investigador Titular A
Centro de Ciencias Genómicas, UNAM
Télefono: 56227777 ext 38482
dcortez@ccg.unam.mx

Todos los profesores enlistados anteriormente, incluyendo el responsable del proyecto, impartirán clases y asesorarán alumnos para la elaboración de tesis de licenciatura durante los cuatro niveles del taller.

ANTECEDENTES Y PERSPECTIVAS

Un genoma es el conjunto del material genético de una célula, y contiene la información necesaria para formar a un organismo y heredar estas características a través de las generaciones. La Genómica (también llamada Ciencias Genómicas) es el conjunto de ciencias y técnicas dedicadas al estudio integral del funcionamiento, estructura,  evolución y origen de los genomas. Usa conocimientos derivados de biología molecular, bioquímica, ciencias de la computación, estadística, matemáticas, física, etc.

El dogma central de la biología molecular plantea que el genoma (el ADN-ácido desoxirribonucléico) es transcrito en un mensajero (ARNm-ácido ribonucleico mensajero) que por su parte se traduce en enzimas y proteínas estructurales siguiendo reglas definidas. Así, conociendo la secuencia del ADN podemos predecir el conjunto de proteínas (proteoma) que una célula puede formar e inferir muchas de las características y propiedades de la célula. Durante la década de los años noventa arrancaron los primeros proyectos científicos dedicados a la secuenciación de genomas. Entre los primeros genomas secuenciados se encontraban los de bacterias patógenas, con la idea de entender los mecanismos de patogenicidad. Por ejemplo a partir de la secuencia de ADN se puede predecir cómo un patógeno ataca a un hospedero, o a qué antibióticos es resistente. El proyecto de secuenciación probablemente más conocido es el “Proyecto del Genoma Humano”, que duró de 1990 a 2003. El mayor interés en la secuenciación y el potencial de posibles aplicaciones derivados de las ciencias genómicas empujaron el desarrollo de tecnologías de secuenciación más eficientes y más económicas. Por su parte estas tecnologías de secuenciación masiva producían datos de secuenciación en cantidades inéditas, lo que hizo necesario el desarrollo de nuevas herramientas bioinformáticas para el manejo de estos datos.

Actualmente la secuenciación de genomas y transcriptomas es una técnica común en los laboratorios de biología, al grado de que se han secuenciados docenas de miles de genomas bacterianos, miles de metagenomas de comunidades microbianas y miles de genomas de organismos multicelulares como plantas y animales.

El desarrollo de la genómica y bioinformática han contribuido al avance de distintos campos de la ciencia como la medicina, la agricultura, la evolución y la ecología. Conocer y entender los genomas tiene múltiples aplicaciones futuras como la biología sintética o la edición de genomas.

En el Centro de Ciencias Genómicas (CCG) de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), ubicado en el Campus Morelos de la UNAM en Cuernavaca, Morelos, tenemos un grupo de investigadores relativamente pequeño. Estudiamos una gran variedad de temas de investigación utilizando como organismos modelo diferentes bacterias, hongos, plantas, animales y el ser humano.

El presente taller pretende presentar a los estudiantes interesados una visión muy amplia de las ciencias genómicas, desde el nivel molecular hasta al nivel poblacional y evolutivo, así como de estudios ecológicos sobre las interacciones entre microbios y hospederos. Tenemos un compromiso muy fuerte con la educación y enseñanza de las ciencias genómicas y queremos contribuir a la formación de profesionales y expertos en las ciencias genómicas y áreas afines.

OBJETIVOS GENERALES

El principal objetivo es que el estudiante adquiera un panorama amplio sobre las ciencias genómicas mediante el estudio de distintos modelos biológicos a distintos niveles de complejidad, haciendo énfasis en las líneas de investigación que se realizan en el Centro de Ciencias Genómicas (CCG). Este objetivo les permitirá obtener las bases conceptuales y experimentales para realizar un proyecto de investigación en un laboratorio del CCG.

OBJETIVOS PARTICULARES

– Que el estudiante adquiera conocimientos sobre el área de genética, evolución,  ecología, bioinformática y estadística a través de una perspectiva genómica y aprendiendo sobre distintos modelos biológicos (bacterias, hongos, plantas y animales) abordando distintos niveles de complejidad: desde la genética molecular y la biología celular hasta el estudio de poblaciones y comunidades, así como la interacción entre micro y macroorganismos (Nivel 1).

-Desarrollar un criterio científico mediante el análisis y la discusión de artículos de investigación en las áreas mencionadas anteriormente. Ser capaz de escoger un tema mediante la búsqueda de literatura apropiada y de exponerlo ante una gama variada de investigadores, dando las bases teóricas y la estrategia experimental con la cual abordará el problema (Nivel 2)

-Desarrollar en el laboratorio un proyecto de investigación original relacionado con los temas vistos en los niveles 1 y 2 que le permita escribir su tesis y graduarse en tiempo (Nivel 3 y 4)

BIBLIOGRAFÍA BÁSICA

Ackermann M (2015). A functional perspective on phenotypic heterogeneity in microorganisms. Nat Rev Microbiol. 13(8):497-508.

Aragón W, Reina-Pinto JJ and Serrano M (2017). The intimate talk between plants and microorganisms at the leaf surface. Journal of Experimental Botany. 68 (19), 5339–5350.

Blair JM, Webber MA, Baylay AJ, Ogbolu DO, Piddock LJ.  (2015). Molecular mechanisms of antibiotic resistance.Nat Rev Microbiol. 3(1):42-51.

Buffalo V. (2015). Bioinformatics Data Skills. O’Reilly MEDIA.

Costa TR, Felisberto-Rodrigues C, Meir A, Prevost MS, Redzej A, Trokter M,Waksman G. (2015). Secretion systems in Gram-negative bacteria: structural and mechanistic insights. Nat Rev Microbiol. 13(6):343-59.

Du D, Wang-Kan X, Neuberger A, van Veen HW, Pos KM, Piddock LJV, Luisi BF. (2018). Multidrug efflux pumps: structure, function and regulation. Nat Rev Microbiol, 16(9):523-539.

Flemming H-C, Wingender J, Szewzyk U, Steinberg P, Rice SA, Kjelleberg S. (2016). Biofilms: an emergent form of bacterial life. Nat Rev Microbiol 14:563–75.

Foster KR, Schluter J, Coyte KZ, Rakoff-nahoum S. (2017). The evolution of the host microbiome as an ecosystem on a leash. Nat Publ Gr 548:43–51.

Galán JE, Waksman G. (2018). Protein-Injection Machines in Bacteria. Cell. 172(6):1306-1318.

Hengge R. (2009). Principles of c-di-GMP signalling in bacteria. Nat Rev Microbiol 7:263–73.

Hospenthal MK, Costa TRD, Waksman G. (2017). A comprehensive guide to pilus biogenesis in Gram-negative bacteria. Nat Rev Microbiol. 15(6):365-379.

Lesk A. M. (2017). Introduction to Genomics. Oxford University Press.  3rd. Edition

Lesk A. M. (2017). Introduction to Protein Science. Oxford University Press. 3rd. Edition.

Madsen Eugene L. (2015). Environmental Microbiology: From Genomes to Biogeochemistry. ISBN 978-1-405-13647-1. 2nd edition, Wiley-Blackwell.

Novak Martin. (2006). Evolutionary Dynamics, the equations of life. ISBN 9780ß674023383

Palsson B. (2015). Systems Biology: Constrains-based Reconstruction and Analysis. Cambridge University Press

Sandner-Miranda L, Vinuesa P, Cravioto A, Morales-Espinosa R. (2018) The Genomic Basis of Intrinsic and Acquired Antibiotic Resistance in the Genus Serratia. Front Microbiol. 9:828.

Serrano M, Kombrink E and Meesters C (2015). Considerations for designing chemical screening strategies in plant biology. Frontiers in Plant Science. 6:131.

Snyder, Larry. (2013). Molecular Genetics of Bacteria. ASM Press.

Vinuesa P, Ochoa-Sánchez LE, Contreras-Moreira B. (2018). GET_PHYLOMARKERS, a Software Package to Select Optimal Orthologous Clusters for Phylogenomics and Inferring Pan-Genome Phylogenies, Used for a Critical Geno-Taxonomic Revision of the Genus Stenotrophomonas. Front Microbiol. 1;9:771.

Vinuesa P, Contreras-Moreira B. (2015). Robust identification of orthologues and paralogues for microbial pan-genomics using GET_HOMOLOGUES: a case study of pIncA/C plasmids. Methods Mol Biol. 1231:203-32.

Yang Z. (2014). Molecular Evolution – A Statistical Approach. Oxford University Press.

PLAN DE TRABAJO Y TEMARIO DETALLADOS DE LOS CUATRO NIVELES DE TALLER

En el Nivel 1, los estudiantes adquirirán conocimientos generales sobre los temas incluidos en el temario mediante cátedras impartidas por todos los investigadores afiliados, así como la discusión de artículos científicos sobre los temas. Discusión de la situación actual y futuro del área. Conocer las bases teóricas y prácticas que fundamentan cada una de las líneas de investigación propuestas.

En el Nivel 2, los investigadores afiliados expondrán cada una de sus líneas de investigación y discutirán artículos científicos directamente relacionados con estas líneas. Las líneas de investigación están directamente relacionadas con los tópicos incluidos en el temario. Las discusiones se enfocarán en entender cuál es la pregunta principal de la línea de investigación de cada investigador participante, las bases que la sustentan y las estrategias experimentales empleadas para abordarlas. Durante este nivel, los estudiantes realizarán al menos una visita al Centro de Ciencias Genómicas para conocer más a fondo los laboratorios participantes, a su personal, así como su infraestructura.

Los Niveles 3 y 4 se cursan en el Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM, localizado en Cuernavaca, Morelos. Durante este periodo los estudiantes desarrollarán su proyecto de tesis, participarán en las actividades del laboratorio en el que estén y participarán en las actividades académicas ofrecidas en el CCG. Cada estudiante tendrá un tutor principal que dirigirá su proyecto de investigación y que será parte de la planta académica del taller. Al final del Nivel 2, y habiendo cubierto los requisitos para pasar a nivel 3, el alumno elegirá tres laboratorios que se acerquen más a sus intereses para llevar a cabo el proyecto de investigación con el cual formulará su tesis durante los niveles 3 y 4. Cada laboratorio recibe un alumno al año, por lo que en caso de que más de un alumno se interese en un determinado laboratorio, la selección se hará de acuerdo a la calificación promedio de los niveles 1 y 2 del taller, y en caso de empate, de acuerdo al promedio general de la carrera; el resto de los alumnos se distribuirán de acuerdo a su segunda o tercera opción o deberán escoger entre los lugares disponibles de los demás laboratorios donde tendrá la misma oportunidad de adquirir experiencia en investigación y desarrollar con éxito un proyecto de tesis. El tutor se reservará el derecho de dar de baja al estudiante si no cumple con su proyecto y sus responsabilidades en el laboratorio. Al final del nivel 4 el alumno deberá haber terminado cuando menos el 80% del trabajo experimental y teórico que conformará la tesis.

Los alumnos deberán radicar en Cuernavaca durante los niveles 3 y 4, por lo que los alumnos ya deben haber concluido todas las materias obligatorias de la carrera de biología. De esta forma podrán estar tiempo completo en el CCG, en donde se impartirán cuatro materias optativas (dos por semestre) para que el alumno pueda completar sus créditos sin trasladarse a la CDMX. Estas materias serán:  Genética y fisiología bacteriana (Nivel 3), Fronteras en la genómica (Nivel 3), Bioinformática (Nivel 4), estadística básica y multivariada con R (Nivel 4).

Los alumnos admitidos para pasar al nivel 3 tendrán un apoyo del CCG o de los investigadores asociados a este taller para que los alumnos puedan residir en la ciudad de Cuernavaca. Dado que el alumno estará de tiempo completo en el CCG durante los niveles 3 y 4, también será posible dedicar parte del tiempo a la realización del servicio social.

TEMARIO

Primer módulo: Introducción al Biocómputo y análisis de datos

Pablo Vinuesa (semana 1; Ago. 5-9) Este módulo proveerá una introducción al biocómputo en sistemas UNIX/Linux para el procesamiento programático de grandes cantidades de datos, con un enfoque en secuencias genómicas y metadatos asociados.

Rafael Peña Miller (semana 2; Ago. 12-16): Este módulo dará una visión general de métodos estadísticos multivariados para administrar, analizar y visualizar grandes cantidades de datos asociados a problemas biológicos multidimensionales.

Segundo módulo: Genómica molecular

David Romero (semana 3; Ago. 19-23): En este módulo se revisarán los mecanismos de transferencia genética en bacterias así como las principales estrategias empleadas en ingeniería genómica.

David Zamorano (semana 4; Ago. 26-30): En este módulo se revisarán los mecanismos moleculares de regulación transcripcional y transducción de señales así como las estrategias genómicas para estudiarlos.

Rafael Peña Miller (semana 5; Sep. 2-6):  Este módulo se enfocará en estudiar la dinámica de regulación transcripcional que subyacen redes de interacciones entre proteínas y ADN, así como sus consecuencias en la dinámica celular.

Sesión de evaluaciones e integración (semana 6; Sep. 9-13)

Tercer módulo: Genómica microbiana

Christian Sohlenkamp (semana 7; Sep 16-20). Se presentará una introducción y unos ejemplos a cerca de cómo utilizar herramientas genómicas para el estudio de la función y de la síntesis de superficiales celulares.

Pablo Vinuesa (semana 8; Sep. 23-27) Se presentará una introducción a aspectos básicos de genómica comparativa y filogenómica microbiana, con un enfoque en el concepto del pan-genoma y elementos genéticos móviles como base genética de la especiación, especialización ecológica y evolución adaptativa en bacterias.

Sesión de evaluaciones e integración (semana 9; Sep 30 – Oct. 4 )

Cuarto módulo: Genómica de eucariontes

Diego Cortez (semana 10; Oct. 7-11) En este módulo se estudiarán las características generales de los genomas eucariontes. Veremos lo que es la variabilidad genética, los SNPs, las duplicaciones segmentales, los elementos transponibles, la comparación de genomas, los análisis de transcriptomas y el proyecto ENCODE.

Mario Serrano (semana 11; Oct. 14-18). En este módulo se estudiarán a las plantas como modelo representativo de los sistemas eucariontes. El temario se divide en tres temas: (1) Se comenzará con el estudio y descripción de los genomas vegetales. (2) Se describirá el empleo de las plantas en la biología de sistemas, incluyendo la generación de plantas transgénicas. (3) Se estudiarán las interacciones entre las plantas y los microorganismos, en particular la caracterización molecular de estas interacciones por medio de la genómica funcional y la genómica química.

Sesión de evaluaciones e integración (semana 12: Oct. 21-25)

Quinto módulo: Ecología genómica de comunidades

Ayari Fuentes (semanas 13 y 14: Oct. 28 – Nov. 6). En este módulo se estudiarán conceptos básicos de evolución adaptativa, evolución experimental y comunidades sintéticas en poblaciones bacterianas desde un punto de vista de biología de sistemas.

Eria Rebollar (semana 14 y 15:  Nov. 6 – Nov 15). Este modulo profundizará en la ecología y evolución de comunidades microbianas. El temario se dividirá en cuatro temas: (1) Se hablará de la ecología de comunidades microbianas, (2) se evaluarán los distintos tipos de simbiosis, (3) se profundizará en la ecología y evolución de la simbiosis entre hospederos y comunidades microbianas y (4) se analizarán los distintos métodos de análisis genómico y metagenómico para estudiar comunidades asociadas a hospederos.

Sesión de evaluaciones e integración (semana 16; Nov. 18-22)

Plan de trabajo general del Taller que deberá estar abierto cuando menos cinco años

El taller se abrirá anualmente sólo en los semestres nones, por lo que el taller 1 iniciará en agosto de cada año iniciando en el semestre 2020-1. El objetivo de nuestro taller es abrirlo cada año durante al menos los próximos cinco años.

Criterios para la evaluación de los alumnos para cada nivel del taller.

Durante los niveles 1 y 2, habrá una evaluación por cada módulo incluido en el temario. Los investigadores responsables de cada módulo evaluarán a los alumnos mediante lectura de artículos, participación, tareas y exámenes según el tema y criterio de cada investigador. La calificación final será el promedio de las obtenidas en cada módulo. Para la admisión a nivel 2 se requerirá de una calificación mínima de 7 en el nivel 1.

En el caso del nivel 2, con el objeto de formar a los alumnos en la búsqueda adecuada de información y en el planteamiento de una estrategia experimental, éstos deberán entregar al final del semestre un trabajo escrito en el que desarrollará una investigación bibliográfica (asesorado por alguno de los investigadores participantes) para plantear un proyecto de investigación concreto que conteste a una pregunta científica en el tema de su elección (relacionado a una de las unidades del taller). Este trabajo se entregará por escrito al final del semestre y lo presentará, junto con el resto de los alumnos, ante un grupo de investigadores participantes del taller en un simposio que se organizará al final del semestre. El promedio de las calificaciones otorgadas al escrito, la calidad de la presentación, así como a la defensa (respuesta a las preguntas) contará 50% de la calificación final de este nivel. El otro 50% será de las evaluaciones de cada unidad.

Para acceder al nivel 3 el alumno deberá contar con una calificación promedio mínimo de 8 entre los niveles 1 y 2, haber acreditado TODAS las materias obligatorias de la carrera para poder cursar las últimas 4 optativas en los niveles 3 y 4. Dependiendo del cupo de los laboratorios, al finalizar el nivel 2 el alumno podrá elegir con mayor conocimiento en qué laboratorios sería de su interés realizar los niveles 3 y 4 del taller, donde llevará a cabo un proyecto de investigación con cuyos resultados escribirá su tesis para optar por el grado. La asignación final por laboratorio dependerá del promedio obtenido entre los dos primeros niveles, esto es, los promedios más altos tendrán prioridad para optar por los laboratorios de su preferencia. Sólo con justificación académica (i.e. salida de intercambio) podrá el alumno posponer su entrada a nivel 3.

Para la evaluación de los niveles 3 y 4, además del tutor principal, dos investigadores del CCG formarán parte de un comité tutor que revisará el avance al final de los dos semestres. El investigador responsable del grupo de investigación calificará la participación del alumno en los seminarios del grupo. El comité tutoral calificará los avances en el proyecto, tanto el manejo del tema, como la parte experimental. Con estos elementos el tutor emitirá la calificación final de cada uno de los semestres.

A continuación, se enlistan las líneas de investigación de los investigadores que serán parte de este taller. Estas líneas están acomodadas según los distintos módulos mencionados en el temario.

MODULO DE GENÓMICA MOLECULAR

Área: Mecanismos de integración y transducción de señales en bacterias
Línea de Investigación: Estudio de los mecanismos que regulan la transición de una vida mótil a una vida sedentaria en patógenos del género Vibrio.
Temas para tesis:

  • Identificación de reguladores de la formación de biofilm en Vibrio parahaemolyticus.
  • Identificación de reguladores de los sistemas flagelares de Vibrio parahaemolyticus.
  • Identificación de vías de señalización que modulen los niveles del segundo mensajero di-GMP-c en Vibrio parahaemolyticus.
  • Diseño de herramientas genéticas para el análisis de circuitos regulatorios en Vibrio cholerae y Vibrio parahaemolyticus.

Área: Dinámica de regulación genética en microorganismos
Línea de Investigación: Estudio del efecto que tiene la variabilidad fenotípica en la dinámica evolutiva de poblaciones de bacterias
Temas para tesis:

  • Microfluídica de células individuales: virulencia y resistencia a antibióticos
  • Microscopía de fluorescencia y desarrollo de algoritmos de análisis de imágenes
  • Modelado matemático de regulación transcripcional
  • Simulación computacional de sistemas dinámicos no-lineales

Área: Organización y evolución de genomas bacterianos
Línea de Investigación: Genes esenciales localizados en cromosomas secundarios en Rhizobium
Temas para tesis:

  • Redes de regulación de genes para división celular en Rhizobium
  • Mecanismos para establecimiento de polaridad durante división en Rhizobium.
  • Modificación de manera de división por Ingeniería genómica

MODULO DE GENÓMICA MICROBIANA

Área: Estudio de la formación y de la función de membrana bacterias
Línea de Investigación: La función de superficies bacterianas en interacción con otros organismos y durante estrés abiótico
Temas para tesis:

  • Resistencia de bacterias a condiciones de estrés por acidez
  • Identificación y caracterización de rutas metabólicas nuevas
  • Diseño a medida de membranas bacterianas

Área: Genómica comparativa y funcional de bacterias
Línea de Investigación: Genómica comparativa y funcional de determinantes de resistencia y virulencia en patógenos oportunistas multidrogo-resistentes
Temas para tesis:

  • Análisis filogenómico y funcional de fimbrias y sistemas de secreción de Stenotrophomonas y Acinetobacter
  • Genómica comparativa y funcional de bombas de eflujo de Stenotrophomonas y Acinetobacter en fenotipos de resistencia a xenobióticos y adaptación al hospedero
  • Análisis transcriptómico y proteómico de la adaptación a estilos de vida planctónico, sésil (en biopelículas) e intracelular de Stenotrophomonas

MÓDULO DE GENÓMICA DE ECUARIONTES

Área: Genómica funcional de vertebrados
Línea de Investigación: Evolución funcional de sistemas de determinación sexual en vertebrados.
Temas para tesis:

  • Determinación del sexo por temperatura
  • Evolución y decaimiento de sistemas sexuales en vertebrados
  • Factores ligados a la transición entre sistemas de determinación sexual

Área:  Estudio de la inmunidad innata vegetal.
Línea de Investigación: Caracterización de la inmunidad innata al segundo hongo fitopatógeno más dañino para la agricultura, el hongo necrótrofo Botrytis cinerea, por medio de herramientas de genética tradicional y genómica química.
Temas para tesis:

  • Identificación y caracterización genética de mutantes cuticulares resistentes a Botrytis cinerea.
  • Caracterización molecular de las respuestas inmunes tempranas.
  • Identificación y caracterización de moléculas que alteren las respuestas inmunes por medio de “chemical genomics”.
  • Identificación y caracterización molecular de biocontroles de Botrytis cinerea.

MODULO DE ECOLOGÍA GENÓMICA DE COMUNIDADES

Área: Dinámica poblacional y evolutiva en comunidades bacterianas.
Línea de Investigación: Estudio de la interacción entre el medio ambiente y comunidades microbianas, en particular, la evolución de resistencia bacteriana.
Temas de tesis:

  • Estudio del efecto de la estructura espacial en la evolución de resistencia a antibióticos.
  • Evolución de la resistencia a antibióticos en comunidades bacterianas a bajas dosis
  • Modificación de las interacciones entre una comunidad bacteriana y el efecto que tienen estas interacciones en los perfiles de susceptibilidad a antibióticos.

Área: Ecología y evolución de la simbiosis: microbiomas asociados a macroorganismos
Línea de Investigación: Estudio de los microbiomas en anfibios y su papel protector contra patógenos
Temas para tesis:

  • Metagenómica de microbiomas de la piel en anfibios
  • Interacciones microbianas mediante el estudio de consorcios microbianos
  • Evolución de la simbiosis entre anfibios y bacterias
  • El papel protector de la microbiota cutánea ante patógenos.

DISTRIBUCIÓN DE CARGA DOCENTE Y PAGO DE HORAS A LOS PROFESORES PARTICIPANTES

Los dos primeros niveles (1 y 2) se impartirán en la Facultad de Ciencias: 32 sesiones a lo largo de 16 semanas (2 veces por semana los días miércoles y viernes de 11-14 hrs). Los niveles 3 y 4 se realizarán en el Centro de Ciencias Genómicas en Cuernavaca, Morelos, donde se impartirán dos optativas por semestre mientras que los alumnos realizan sus proyectos de investigación. Todos los investigadores tendrán el mismo número de horas de docencia. No requerimos de un sueldo para impartir las clases de este taller.