Julio Augusto Freyre González

Genómica Evolutiva Investigador

Inv. Asoc. C T.C. Interino

Semblanza

Julio A. Freyre-González estudió la Ingeniería en Sistemas Computacionales en el Instituto Tecnológico de Veracruz (ITVer) y la Maestría en Ciencias de la Computación (Aprendizaje Computacional) en el Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey (ITESM). Obtuvo el grado de Doctor en Ciencias Bioquímicas (Genómica Computacional) de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 2009.
Durante sus estudios de maestría desarrolló una metodología bayesiana para la clonación conductista, el cual es un método para construir sistemas automatizados de control para tareas complejas mediante capturar y reproducir las habilidades subcognitivas humanas en un programa de computadora. Tras ser impresionado por los problemas en genómica y biología de sistemas, decidió profundizar en el campo estudiando un doctorado en ciencias bioquímicas. Entonces volteó su atención a la aplicación de la teoría de grafos para estudiar las propiedades topológicas y la organización modular y jerárquica de la red regulatoria transcripcional de Escherichia coli. Su trabajo fue una contribución fundamental al primer análisis modular de una red regulatoria bacteriana. Durante su investigación doctoral, desarrolló los fundamentos del enfoque de descomposición natural, un marco de trabajo biológico-matemático que aprovecha las propiedades estructurales de las redes regulatorias para brindar criterios objetivos que permiten su descomposición y la identificación de sus componentes a nivel de sistemas.
Actualmente, su laboratorio tiene como objetivo desarrollar técnicas y métodos novedosos para contribuir a develar los principios a nivel de sistemas gobernando la organización y evolución de la circuitería biológica a escala global. El objetivo a largo plazo es develar los principios evolutivos y de sistemas que gobiernan las redes biológicas complejas y usar este conocimiento para desarrollar nuevas estrategias en biología sintética. Para lograr estos objetivos, integra datos masivos y distintas bases de datos combinando conocimiento de biología molecular, teoría de grafos, ciencias de la computación, estadística, matemáticas e inteligencia artificial.
A Julio Freyre le han sido otorgados diversos premios desde que era un estudiante de licenciatura, siendo algunos de ellos el I Premio Nacional de Software Juvenil por la Fundación Arturo Rosenblueth en 1992, el XIII Premio Joven Talento en Ciencias de la Vida (XIII Prêmio Jovem Talento em Ciências da Vida) por la Sociedad Brasileña de Bioquímica y Biología Molecular (SBBq) y GE Healthcare Life Sciences en 2009, y el Reconocimiento al Mérito Estatal de Investigación por el Estado de Morelos en 2010.
Él es además responsable de los planes de estudios e impartición de cursos en ciencias de la computación (“Principios de Programación” y “Computo Científico”). Esto además incluye cursos en biología de sistemas, y un taller en esta área contando con un enfoque de docencia/investigación en la frontera de las ciencias biológicas. Todos estos cursos son impartidos para el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas. Además, impartimos cursos a nivel de posgrado en las mismas áreas para el Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas.

Ligas

http://freyrelab.org
Google Scholar
http://orcid.org/0000-0001-7061-7637
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Freyre-Gonz%C3%A1lez+JA%5BAuthor%5D
https://arxiv.org/a/freyregonzalez_j_1.html
ResearchGate
https://unam.academia.edu/jfreyre
https://publons.com/author/633264/julio-augusto-freyre-gonzalez
https://www.linkedin.com/in/jfreyreg
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Publicaciones selectas

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Ibarra-Arellano, M.A., Campos-González, A.I., Treviño-Quintanilla, L.G., Tauch, A., Freyre-González, J.A.* Abasy Atlas: A comprehensive inventory of systems, global network properties, and systems-level elements across bacteria. Database 2016:baw089 (2016) doi: 10.1093/database/baw089

Freyre-González, J.A.*, Treviño-Quintanilla, L.G., Valtierra-Gutiérrez, I., Gutierrez-Ríos, R.M., y Alonso-Pavón, J.A. Prokaryotic regulatory systems biology: Common principles governing the functional architectures of Bacillus subtilis and Escherichia coli unveiled by the natural decomposition approach. J. Biotechnol. 161(3):278-286 (2012) doi: 10.1016/j.jbiotec.2012.03.028

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Freyre-González, J.A.*, Alonso-Pavón, J.A., Treviño-Quintanilla, L.G., y Collado-Vides, J. Functional architecture of Escherichia coli: new insights provided by a natural decomposition approach. Genome Biol. 9(10):R154 (2008) doi: 10.1186/gb-2008-9-10-r154

Teléfono: (777) 3133881
Correo: jfreyre@ccg.unam.mx

Publicaciones

AñoPublicaciónPMID
2017Freyre-González, J.A., Tauch, A. (2017) Functional architecture and global properties of the Corynebacterium glutamicum regulatory network: Novel insights from a dataset with a high genomic coverage Journal Of Biotechnology 257():199-210 [doi:10.1016/j.jbiotec.2016.10.025]27829123
2016Ibarra-Arellano MA, Campos-González AI, Treviño-Quintanilla LG, Tauch A, Freyre-González JA (2016) Abasy Atlas: a comprehensive inventory of systems, global network properties and systems-level elements across bacteria DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION 2016():baw089- [doi:10.1093/database/baw089]27242034
2015González-Duarte, R.J., Cázares-Ordoñez, V., Romero-Córdoba, S., Díaz, L., Ortíz, V., Freyre-González, J.A., Hidalgo-Miranda, A., Larrea, F., Avila, E. (2015) Calcitriol increases Dicer expression and modifies the microRNAs signature in SiHa cervical cancer cells BIOCHEMISTRY AND CELL BIOLOGY 93(4):376-384 [doi:10.1139/bcb-2015-0010]26111345
2015Alvarez-Vasquez, Fernando J., Freyre-Gonzalez, Julio A., Balderas-Martinez, Yalbi I., Delgado-Carrillo, Monica I., Collado-Vides, Julio (2015) Mathematical modeling of the apo and holo transcriptional regulation in Escherichia coli Molecular Biosystems 11(4):994-1003 [doi:10.1039/c4mb00561a]25683745
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2008Freyre González, Julio Augusto, Alonso Pavón, José Antonio, Treviño Quintanilla, Luis Gerardo, Collado Vides, Pedro Julio (2008) Functional architecture of Escherichia coli: new insights provided by a natural decomposition approach Genome Biology 9(10):154- [doi:10.1186/gb-2008-9-10-r154]18954463
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2005Resendis Antonio, Osbaldo, Freyre González, Julio Augusto, Menchaca Mendez, Ricardo, Gutiérrez Ríos, Rosa María, Martínez Antonio, Agustino, Ávila Sánchez, Cristhian, Collado Vides, Pedro Julio (2005) Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E-coli TRENDS IN GENETICS 21(1):16-20 [doi:10.1016/j.tig.2004.11.010]15680508