Programa de Genómica Computacional

Responsable: Julio Collado-Vides, Ph.D.


Con base en la anotación continua de la red de regulación más completa existente para una célula viva, Escherichia coli K-12 (modelada en las bases de datos RegulonDB y EcoCyc), nuestra investigación se relaciona con el diseño computacional, la predicción genómica y los análisis comparativo y evolutivo de la regulación de la expresión genética en bacterias.

Desarrollamos métodos de predicción de redes de regulación, factores de transcripción, promotores, operones y asociaciones funcionales entre los genes. Hemos iniciado modelos discretos de la red, comparada con datos de microarreglos; redefinido reguladores globales; analizado la topología de la red; y contribuido con nuevos análisis integrativos de regulación y censado. Además, estamos iniciando una etapa de verificación experimental del comportamiento predicho de la red.

Este programa ha proporcionado la bioinformática para la genómica en este Centro, en términos de investigación (anotación de bases de datos y análisis comparativos de la secuencia genómica de Rhizobium.etli), así como de educación. Diversos miembros del laboratorio están a cargo de cursos en ciencias computacionales, bioinformática y biología de sistemas en nuestros programas de Licenciatura en Ciencias Genómicas. Este programa tiene a su cargo las tecnologías de la información en el centro, así como el Nodo Nacional de Bioinformática UNAM (NNB-UNAM), el cual es miembro de la Red Europea de Biología Molecular (EMBnet).

La investigación que se realiza en el laboratorio está apoyada por fondos de la UNAM, el Conacyt, y los Institutos Nacionales de Salud (NIH) de los EU.

Herramientas desarrolladas: