César Augusto Bonavides Martínez

Genómica Computacional Técnico Académico

Tec. Acad. Tit. C T.C. Definitivo

Semblanza

Estudió Ingeniería en Sistemas Electrónicos y Maestría en Administración de Tecnologías de Información, en el ITESM, Campus Cuernavaca. En 1999 ingresó al Laboratorio de Biología Computacional del CIFN, lo que ahora se conoce como Programa del Genómica Computacional del Centro de Ciencias Genómicas.Desde un principio sus actividades han sido aquellas relacionadas con la extracción e intercambio de información tanto de RegulonDB como de EcoCyc.César procura estar al tanto de lo que se encuentra en vías de investigación y desarrollo en el Programa de Genómica Computacional, para así poder enfocarse, investigar y actualizarse con el fin de ofrecer soluciones que vayan a la medida de las necesidades de las líneas de investigación.Su apoyo en la organización de eventos ha sido muy importante, tanto para la comunidad del CCG como para otras entidades como la Sociedad Mexicana de Ciencias Genómicas y el Nodo Nacional de Bioinformática, EMBnet México, del cual es encargado. Sus intereses académicos y profesionales varían en todos sentidos, desde la programación de sistemas de cómputo, pasando por la programación de microcontroladores, hasta aquellos relacionados con la administración y automatización de procesos. Los motivos de su felicidad, alegría y asombros constantes se llaman Laura y Annie (esposa e hija) y es con ellas con quien le gusta compartir su tiempo libre (por lo general escaso). Su hobby (aun no llevado a los límites), es el aeromodelismo y los videojuegos.

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Publicaciones

AñoPublicaciónPMID
2017De Las Rivas, J., Bonavides-Martínez, C. and Campos-Laborie, F.J.. (2017). "Corrigendum: Bioinformatics in Latin America and SoIBio impact, a tale of spin-off and expansion around genomes and protein structures [Briefings in Bioinformatics, (2017)] doi: 10.1093/bib/bbx064". BRIEF BIOINFORM. 18(6):1091-1091. [doi:10.1093/bib/bbx114]28968628
2017De Las Rivas J, Bonavides-Martínez C and Campos-Laborie FJ. (2017). "Bioinformatics in Latin America and SoIBio impact, a tale of spin-off and expansion around genomes and protein structures.". BRIEF BIOINFORM. ():-. [doi:10.1093/bib/bbx064]28981567
2017Keseler IM, Mackie A, Santos-Zavaleta A, Billington R, Bonavides-Martínez C, Caspi R, Fulcher C, Gama-Castro S, Kothari A, Krummenacker M, Latendresse M, Muñiz-Rascado L, Ong Q, Paley S, Peralta-Gil M, Subhraveti P, Velázquez-Ramírez DA, Weaver D, Collado-Vides, J., Paulsen I and Karp PD. (2017). "The EcoCyc database: Reflecting new knowledge about Escherichia coli K-12". Nucleic Acids Research. 45(D1):543-550. [doi:10.1093/nar/gkw1003]27899573
2016Gama-Castro, S., Salgado, H., Santos-Zavaleta, A., Ledezma-Tejeida, D., Muñiz-Rascado, L., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Martínez-Flores, I., Pannier, L., Castro-Mondragón, J.A., Medina-Rivera, A., Solano-Lira, H., Bonavides-Martínez, C., Pérez-Rueda, E., Alquicira-Hernández, S., Porrón-Sotelo, L., López-Fuentes, A., Hernández-Koutoucheva, A., Del Moral-Chavez, V., Rinaldi, F. and Collado-Vides, J.. (2016). "RegulonDB version 9.0: High-level integration of gene regulation, coexpression, motif clustering and beyond". Nucleic Acids Research. 44(D1):133-143. [doi:10.1093/nar/gkv1156]26527724
2013Salgado Osorio, Heladia, Peralta Gil, Martín, Gama Castro, MA. DEL SOCORRO, Santos Zavaleta, Alberto, Muñíz Rascado, Luis José, Garcia Sotelo, Jair Santiago, Weiss, V., Solano Lira, Hilda, Martínez Flores, Irma, Medina Rivera, Alejandra Eugenia, Salgado Osorio, Gerardo, Alquicira Hernández, Shirley, Alquicira Hernández, Kevin, López Fuentes, Alejandra Cristina, Porrón Sotelo, Liliana, Huerta Moreno, Araceli, Bonavides Martínez, César Augusto, Balderas MartÍnez, Yalbi Itzel, Pannier, Lucia, Olvera, M., Labastida, A., Jiménez-Jacinto, V., Vega-Alvarado, L., del Moral Chávez, Victor Manuel, Hernández Álvarez, Alfredo José, Morett, E. and Collado-Vides, J.. (2013). "RegulonDB v8.0: Omics data sets, evolutionary conservation, regulatory phrases, cross-validated gold standards and more". Nucleic Acids Research. 41(D1):203-213. [doi:10.1093/nar/gks1201]23203884
2013Keseler, I.M., Mackie, A., Peralta Gil, Martín, Santos Zavaleta, Alberto, Gama Castro, MA. DEL SOCORRO, Bonavides Martínez, César Augusto, Fulcher, C., Huerta Moreno, Araceli, Kothari, A., Krummenacker, M., Latendresse, M., Muñíz Rascado, Luis José, Ong, Q., Paley, S., Schroder, I., Shearer, A.G., Subhraveti, P., Travers, M., Weerasinghe, D., Weiss, V., Collado-Vides, J., Gunsalus, R.P., Paulsen, I. and Karp, P.D.. (2013). "EcoCyc: Fusing model organism databases with systems biology". Nucleic Acids Research. 41(D1):605-612. [doi:10.1093/nar/gks1027]23143106
2011Gama Castro, MA. DEL SOCORRO, Salgado Osorio, Heladia, Peralta Gil, Martín, Santos Zavaleta, Alberto, Muñíz Rascado, Luis José, Solano Lira, Hilda, Jimenez-Jacinto, V., Weiss, V., Garcia Sotelo, Jair Santiago, López Fuentes, Alejandra Cristina, Porrón Sotelo, Liliana, Alquicira Hernández, Shirley, Medina Rivera, Alejandra Eugenia, Martínez Flores, Irma, Alquicira Hernández, Kevin, Martínez Adame, Ruth, Bonavides Martínez, César Augusto, Miranda-Ríos, J., Huerta Moreno, Araceli, Mendoza-Vargas, A., Collado Torres, Leonardo, Taboada, B., Vega-Alvarado, L., Olvera, M., Olvera, L., Grande, R., Morett, E. and Collado-Vides, J.. (2011). "RegulonDB version 7.0: Transcriptional regulation of Escherichia coli K-12 integrated within genetic sensory response units (Gensor Units)". Nucleic Acids Research. 39(SUPPL. 1):98-105. [doi:10.1093/nar/gkq1110]21051347
2011Keseler, I.M., Collado-Vides, J., Santos Zavaleta, Alberto, Peralta Gil, Martín, Gama Castro, MA. DEL SOCORRO, Muñíz Rascado, Luis José, Bonavides Martínez, César Augusto, Paley, S., Krummenacker, M., Altman, T., Spaulding, A., Spaulding, A., Pacheco, J., Latendresse, M., Fulcher, C., Sarker, M., Shearer, A.G., Mackie, A., Paulsen, I., Gunsalus, R.P. and Karp, P.D.. (2011). "EcoCyc: A comprehensive database of Escherichia coli biology". Nucleic Acids Research. 39(SUPPL. 1):583-590. [doi:10.1093/nar/gkq1143]21097882
2009Aparicio, G., Blanco, F., Blanquer, I., Bonavides Martínez, César Augusto, Chaves, J.L., Embid, M., Hernández, Á., Hernández, V., Isea, R., Lagares, J.I., Aldama, D.L., Mayo, R., Montes, E. and Mora Henry, R.. (2009). "Developing Biomedical Applications in the Framework of EELA". Handbook of Research on Grid Technologies and Utility Computing: Concepts for Managing Large-Scale Applications. ():206-218.
2008Gama Castro, MA. DEL SOCORRO, Jiménez Jacinto, Verónica, Peralta Gil, Martín, Santos Zavaleta, Alberto, Peñaloza Spinola, Mónica Ivonne, Contreras Moreira, Bruno, Segura Salazar, Juan, Muñíz Rascado, Luis José, Martínez Flores, Irma, Salgado Osorio, Heladia, Bonavides Martínez, César Augusto, Abreu Goodger, Cei Leander Gastón, Rodríguez Penagos, Carlos, Miranda-Ríos, J., Morett Sánchez, Juan Enrique, Merino, E., Huerta Moreno, Araceli, Treviño Quintanilla, Luis Gerardo and Collado-Vides, J.. (2008). "RegulonDB (version 6.0): Gene regulation model of Escherichia coli K-12 beyond transcription, active (experimental) annotated promoters and Textpresso navigation". Nucleic Acids Research. 36(SUPPL. 1):120-124. [doi:10.1093/nar/gkm994]18158297
2007Karp, P.D., Keseler, I.M., Shearer, A., Latendresse, M., Krummenacker, M., Paley, S.M., Paulsen, I., Collado-Vides, J., Gama Castro, MA. DEL SOCORRO, Peralta Gil, Martín, Santos Zavaleta, Alberto, Peñaloza Spinola, Mónica Ivonne, Bonavides Martínez, César Augusto and Ingraham, J.. (2007). "Multidimensional annotation of the Escherichia coli K-12 genome". Nucleic Acids Research. 35(22):7577-7590. [doi:10.1093/nar/gkm740]17940092
2006Salgado Osorio, Heladia, Gama Castro, MA. DEL SOCORRO, Peralta Gil, Martín, Díaz Peredo, Edgar Ulises, Sánchez Solano, Erika Fabiola, Santos Zavaleta, Alberto, Martínez Flores, Irma, Jiménez Jacinto, Verónica, Bonavides Martínez, César Augusto, Segura Salazar, Juan, Martínez Antonio, Agustino and Collado-Vides, J.. (2006). "RegulonDB (version 5.0): Escherichia coli K-12 transcriptional regulatory network, operon organization, and growth conditions.". Nucleic Acids Research. 34(Database issue):394-397. [doi:10.1093/nar/gkj156]16381895
2004Salgado Osorio, Heladia, Gama Castro, MA. DEL SOCORRO, Martínez Antonio, Agustino, Díaz Peredo, Edgar Ulises, Sánchez Solano, Erika Fabiola, Peralta Gil, Martín, García Alonso, Delfino, Jiménez Jacinto, Verónica, Santos Zavaleta, Alberto, Bonavides Martínez, César Augusto and Collado-Vides, J.. (2004). "RegulonDB (version 4.0): Transcriptional regulation, operon organization and growth conditions in Escherichia coli K-12". Nucleic Acids Research. 32(DATABASE ISS.):303-306. [doi:10.1093/nar/gkh140]14681419
2002Karp, PD, Riley, M, Saier, M, Paulsen, IT, Collado-Vides, J., Paley, SM, Pellegrini-Toole, A, Bonavides, C and Gama-Castro, S. (2002). "The EcoCyc database". Nucleic Acids Research. 30(1):56-58. [doi:10.1093/nar/30.1.56]11752253
2001Salgado, H, Santos-Zavaleta, A, Gama-Castro, S, Millen-Zarate, D, Diaz-Peredo, E, Sanchez-Solano, F, Pérez-Rueda, E, Bonavides-Martinez, C and Collado-Vides, J.. (2001). "RegulonDB (version 3.2): Transcriptional regulation and operon organization in Escherichia coli K-12". Nucleic Acids Research. 29(1):72-74. [doi:10.1093/nar/29.1.72]11125053